Pauli foi oficialmente fundado em 15 de maio de 1910 e passou a usar as mesmas cores que mantém até hoje: marrom e branco. Cerca de dez anos depois, o clube participou pela primeira vez da primeira divisão e foi logo rebaixado. Ele voltou a subir em 1930.
O clube foi inicialmente forçado a jogar suas partidas como mandante em campos neutros ou dos adversários, já que seu estádio havia sido completamente destruído. No primeiro ano após a guerra, membros do St. Pauli construíram um novo estádio no Heiligengeistfeld, bem em frente ao velho corpo de bombeiros, o qual foi inaugurado em 17 de novembro de 1946 em um jogo contra o FC Schalke 04.
Na primeira temporada da Oberliga, em 1947/48, o St. Pauli perdeu somente três jogos, sendo a primeira derrota na semifinal contra o Nuremberg. O St. Pauli chegou “somente” às quartas-de-final no ano seguinte e teve de se resignar a ficar atrás do rival Hamburgo até 1953/54, quando o clube foi vicecampeão da primeira divisão do Campeonato do Norte da Alemanha, atrás do Hannover. Nos anos seguintes, o principal rival do St. Pauli foi o Altona 93. As duas equipes batalharam pelo posto de segundo melhor da cidade de Hamburgo.
Entre 1955 e 1958, o St. Pauli enfrentou a ameaça constante do rebaixamento. No mesmo período, o estádio construído pelo clube em 1946 teve de dar lugar ao Festival Internacional de Jardinagem depois de somente 14 anos, levando à construção do atual estádio (o Millerntor) em 1960. O St. Pauli teve de esperar até a segunda metade da temporada 1961/62 para poder mandar seus jogos no novo estádio.
Quando a DFB recusou a entrada do St. Pauli na nova divisão principal da Alemanha, a Bundesliga, no final de 1962/63, o clube foi jogar na Liga Regional do Norte, imediatamente vencendo o campeonato.
Em 1973/74, o time de Millerntor terminou em segundo, atrás do Braunschweig, e subiu para a recém-formada Bundesliga 2 Norte. O St. Pauli marcou 113 gols em 36 jogos, o recorde do clube até hoje.
O St. Pauli finalmente retornou às divisões profisisonais em 1974, depois de onze anos na liga regional. O clube terminou em um surpreendente terceiro lugar em 1974/75, atrás do campeão Hannover e do Uerdingen.
Em 1976/77, a equipe embarcou em uma temporada muito recompensante na segunda divisão, culminando no título da liga e no acesso para a primeira divisão da Alemanha. Infelizmente, uma derrota por 5-0 em casa para o Colônia acabou com a aventura do clube na Bundesliga depois de somente uma temporada. E as coisas ainda estavam para piorar. Como se o rebaixamento não fosse suficientemente humilhante, o St. Pauli terminou em sexto na segunda divisão mas mesmo assim foi rebaixado para o amadorismo da Oberliga Norte depois de a licença do clube ser cassada.
Depois de flutuar constantemente entre a Oberliga e a Bundesliga 2, o St. Pauli finalmente retornou à divisão de elite em 1988. O clube terminou a Segundona em segundo lugar, atrás do Stuttgarter Kickers, o que levou a vários dias de comemoração na cidade. E o mais importante foi o clube ter conseguido permanecer no topo na temporada seguinte.Entretanto, um novo rebaixamento veio em 1990/91. Mesmo assim, a temporada foi inesquecível para o St. Pauli, especialmente por seus jogos contra o Bayern.
A pouca sorte do clube não prejudicou sua popularidade nos anos seguintes. O St. Pauli conseguiu até fazer duas outras “visitas” à Bundesliga (1995-1997 e 2001). No final de 2001-02, entretanto, a equipe sofreu uma humilhante queda para a terceira divisão da Alemanha. Com o clube à beira da ruína financeira, foram os extraordinários torcedores novamente que realizaram uma “campanha de resgate” para levantar os recursos necessários em poucas semanas. O apoio do Bayern de Munique e de numerosas celebridades também reenfatizou a importância do clube no cenário futebolístico nacional.
Em seu ano do centenário, o St. Pauli, clube ícone da esquerda alemã, conseguiu o acesso para a primeira divisão do Campeonato Alemão, da qual estava fora desde a temporada 2001/2002.
Estádio
Em 1970, o estádio foi rebatizado o estádio Wilhelm Koch, em homenagem a um ex-presidente do clube, mas este era controverso, quando se descobriu que ele tinha sido membro do Partido Nazista durante a guerra, por isso o nome foi alterado novamente para Millerntor em 1999. Atualmente, um esforço de reconstrução já começou. O objetivo, a renovação total do estádio (com capacidade ampliada, novos serviços, etc), está prevista para ser concluída em 2013 (capacidade: 27.500) e custo em torno de 30 milhões de euros.
Alcunhas Os piratas da Liga
Site http://www.fcstpauli.com/