A equipe começou como uma equipe da empresa, Tokyo Gas Football Club . Sua primeira aparição nas ligas nacionais foi em 1991, a última temporada do velho Japão Soccer League. [2] Com a adição do futebol brasileiro jogador Amaral eo gerente Kiyoshi Okuma no comando, o time tornou-se gradualmente competitivo e em 1997, a equipe terminou em segundo, ganhando a JFL campeonato do próximo ano.No entanto, no momento em que a equipe não tinha as qualificações necessárias para uma promoção para a liga J1 e assim ficamos em J2.
Depois disso, em 1 de Outubro de 1998, empresas como a Tokyo Gas, TEPCO, AMPM, TV Tokyo e Cultura Conveniência Clube, criar uma empresa conjunta Tokyo Football Club Companhia com o objetivo de tornar a equipe elegível para a adesão ao J. League. Em 1999, o mesmo ano, a equipe tornou-se elegível, que terminou em segundo na liga J2 e foram automaticamente promovido a J1 início na temporada de 2000.Apesar de uma crença generalizada de que a equipe iria ganhar apenas o suficiente para ficar na J1, a equipe venceu quatro jogos seguidos desde o seu jogo de abertura e conseguiu terminar no 7º lugar.
Ajudado por seu recorde de vitórias, o atendimento disparou e ele ainda está acima do bem conhecido Tokyo Verdy 1969 que transferiu a sua cidade natal de Kawasaki, Kanagawa em 2001. Desde 2002, a equipe de boas-vindas Hiromi Hara como seu gerente e apontou para um campeonato com um forte ataque. A temporada de 2003 teve o acabamento equipe em quarto, o seu mais elevado de sempre. Em agosto do mesmo ano, ele realizou um amistoso contra um dos maiores clubes de futebol, Real Madrid perder por 3-0, mas ganhando experiências valiosas tanto dentro quanto fora do campo para o que é preciso para ser um grande clube de futebol.
Longo tempo líder Amaral, apelidado de The King of Tokyo por seus fãs, partiu a equipe para se juntar Shonan Bellmare em 2004. Ele foi substituído pelo jogador Jogos Olímpicos de Atenas equipa nacional de futebol Yasuyuki Konno do Consadole Sapporo. Em novembro do mesmo ano, ele venceu o J. League Yamazaki Nabisco Cup para seu primeiro grande título desde que ingressou na J. League.
Após 10 anos de participação na J. League sem um personagem mascote, a equipe adotou Tokyo Dorompa, um tanuki -como figura, como a sua mascote em janeiro de 2009.
Em 04 de dezembro de 2010 FC Tokyo tinha que vencer seu último jogo da temporada afastado para já rebaixado Kyoto Sanga FC. FC Tokyo perdeu por 2-0 e voltei para o segundo nível pela primeira vez em 11 anos. No entanto, eles se recuperou na primeira tentativa, conquistando o título J2, em novembro de 2011.
Antes de sua 2011 Copa do Imperador vitória, FC Tokyo chegou às semifinais da competição três vezes: em 1997 (como Tokyo Gas), 2008, e 2010. A sua vitória de 2011 foi notável na medida em que o clube foi um segundo time da divisão durante a temporada. Eles se tornaram os primeiros campeões J2 e terceiros campeões de segundo nível global (após NKK SC em 1981 e Júbilo Iwata em 1982), para realizar a façanha.