Fundado no dia 9 de maio, de 1920, o Mesquita Futebol Clube ,no começo de sua história, seguindo o exemplo da maioria dos outros clubes do estado, dedicou-se apenas ao futebol amador. Por isso, somente na década de 80, quando a equipe já era composta por jogadores profissionais, o time conseguiu seu primeiro título de maior expressão. Em 1981, o alvinegro da Baixada Fluminense venceu a terceira divisão do Estadual, conseguindo o acesso para a segundona. Os primeiros anos no grupo dos times aspirantes à primeira divisão não foram fáceis. Porém, o objetivo maior do Mesquista era chegar à elite do futebol do Rio de Janeiro e, enquanto não obtinham sucesso, jogadores, comissão técnica e dirigentes não pararam de lutar.
Em 1985, sagra-se vice-campeão da Segunda Divisão, perdendo o título para o Campo Grande Atlético Clube, subindo para a Primeira onde permaneceu até 1987, quando foi rebaixado.
Na campanha de 1986, o time da Baixada conquistou apenas 17 pontos em 22 partidas disputadas, terminando em nono lugar, apenas um posto acima da zona de rebaixamento. Em 1987, o descenso foi inevitável. Com uma temporada pior que a do ano anterior, o time amargou o descenso para segunda divisão.
Em 2003, já de volta à Terceira, é vice-campeão, conseguindo o acesso de volta à Segundona com o campeão Bonsucesso Futebol Clube.Em 2007, o Mesquita Futebol Clube formado por jovens entre 17 e 22 anos, retornou para a 1ª divisão. Em 2008, 21 anos depois de ser rebaixado, o Tubarão retorna à Primeira Divisão Carioca. Em 2008, após muita luta, consegue se manter na elite carioca e irá disputar o cariocão em 2009.
Em 2009, permanecido na elite, o clube promete tudo em busca da afirmação e solidificação na Divisão Principal do Estado. Após uma Taça Guanabara boa para o time da Baixada, chegando inclusive a disputar a final de uma taça que reunia os 3ºs e 4ºs lugares da Taça Guanabara, o time amarga até agora (31/03/2009) 6 derrotas, todas seguidas, a última para o Duque de Caxias, por 4 x 2, solidificando assim mais um rebaixamento do Tubarão da Baixada.
Títulos
Campeonato Carioca - 3ª Divisão: 1981.
Estádio
Manda seus jogos no Estádio Niélsen Louzada, conhecido como “Louzadão”, com capacidade para 4 mil pessoas.
Mascote
Conhecido como o Tubarão da Baixada, o Mesquite Futebol Clube tem como mascote a figura de um tubarão. Porém, não existe nenhum desenho que caracterize a identificação do animal com o clube.
Site
www.mesquitafc.com.br/ - fora do ar.