Fundado em 08 Janeiro de 2004, o Comerciário Futebol Clube surgiu já com um grande número de torcedores. Segundo a diretoria da equipe, os mais de 100 mil comerciários do Maranhão agora têm uma nova paixão no Estado. “É um dia histórico. É um sonho que está sendo realizado.Em pouco mais de um ano de fundação, o Comerciário atravessa por grandes momentos do futebol local. Logo em sua primeira competição profissional, conquistou o título da Segunda Divisão em 2004.
Em 2005, após o término do campeonato, houve uma grande discussão se os rebaixados deveriam ser
Americano e Comerciário, os dois últimos colocados ou Viana e São Bento, que desistiram antes
do início da competição. No conselho arbitral de outubro de 2005, os clubes unanimimente
decidiram que os rebaixados seriam Viana e São Bento, confirmando o Americano e o Comerciário
para as disputas de 2006.
Em 2006 e 2007, faz péssimas campanhas, terminando nas ultimas posições, sendo rebaixado para segunda divisão, onde permanece.
Títulos
Campeão Maranhense da Segunda Divisão 2004
Estádio
O Estádio Municipal Nhozinho Santos foi inaugurado em 1 de outubro de 1950 em São Luís, Maranhão, Brasil, com capacidade máxima de 21 mil pessoas. O estádio é de propriedade da Prefeitura Municipal de São Luís do Maranhão. Seu nome é em homenagem a Joaquim Moreira Alves dos Santos, pelas mãos do qual ocorreu o nascimento das atividades esportivas em Maranhão.