O clube entrou no profissionalismo em 2000 com o nome de Esporte Clube Independente, sagrou-se vice-campeão da 3ª Divisão baiana, conseguindo o acesso para a Segunda Divisão. Em 2001, conquistou o título da 2ª Divisão vencendo na final o Grapiúna.
O Independente protagoniza uma das mais meteóricas histórias do futebol estadual. Somente em novembro de 2000 iniciou, de fato, as suas atividades como clube profissional - é filiado à FBF desde 1997. A experiência nordestina do Palmeiras começou em 2000, quando o time fechou uma parceria com o Independente, clube da cidade do interior baiano. No início deste ano, a agremiação paulista tomou conta de vez da equipe e colocou seu nome na associação baiana.
No ano de 2002, o clube passa a se chamar Palmeiras do Nordeste e, em sua primeia participação na divisão principal, conquista o título do Campeonato Baiano e do Campeonato do Interior, garantindo o direito de disputar o Campeonato Brasileiro da Série C.
Em 2003, conquistou a Taça Estado da Bahia, vencendo o Cruzeiro de Cruz das Almas na final.
Sua decadência iniciou-se em 2004 quando o Palmeiras encerrou sua parceria com o clube. Em 2005, mesmo com grandes dificuldades financeiras disputou o Campeonato Baiano na cidade de Santo Antônio de Jesus, sendo rebaixado após desempate contra o Sport Camaçariense.
No ano de 2007, revitalizado com o atual nome e após estabelecer uma parceria com uma sociedade empresária de Feira de Santana, sagrou-se Campeão Baiano da segunda divisão, após dois empates com o Galícia na final, tendo acesso a divisão principal.
Títulos
Campeonato Baiano: 2002.
Campeonato Baiano - 2ª Divisão: 2 vezes (2001 e 2007).
Taça Estado da Bahia: 2003.
Estádio
Estádio Alberto Oliveira, ou Jóia da Princesa, é um estádio de futebol de Feira de Santana (Bahia), que atende a diversos clubes do município, principalmente ao Fluminense de Feira Futebol Clube, principal clube da cidade, que tem capacidade para 16.274 pessoas.
Foi inaugurado em 23 de abril de 1953 quando o Bahia de Feira venceu o Galícia, da capital, por 2 a 0, com dois gols de Mário Porto. Inicialmente foi denominado Estádio Municipal Almachio Boaventura, em homenagem ao intendente que fez a terraplenagem do terreno em 1950.Em 13 de novembro de 1966, foi inaugurado no mesmo local um novo estádio, mudando a posição do campo. O estádio foi rebatizado com o nome de Alberto Oliveira, em homenagem ao ex-vereador e ex-presidente do Fluminense de Feira Futebol Clube. A reinauguração foi realizada pelo então governador Luís Viana. O Fluminense de Feira jogou amistosamente contra o Vasco da Gama do Rio de Janeiro, perdendo pelo placar de 1 a 0, gol contra do zagueiro Val. Atualmente também abriga o Esporte Clube Bahia.
Mascote
Águia do Sertão
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