Com a profissionalização, a nomenclatura da equipe passou a ser Fluminense Futebol Clube de Camaçari. Foi apenas na década de 90 que passou a ter o mesmo nome dos dias atuais.
Logo em seu primeiro ano de existência como profissional, em 1989, o clube conseguiu o vice-campeonato da segunda divisão de Profissionais do Futebol Baiano. A equipe perdeu o título para o Jacuipense, após empatar os dois jogos decisivos. A primeira partida foi 2 a 2 e a segunda 0 a 0. O elenco daquele ano foi formado em apenas 33 dias pelo então presidente, Higino Santana Soares.
Na temporada seguinte, 1990, Higino Soares quis ver o clube dar saltos mais altos e para isso realizou uma parceria com o Bahia. Juntamente com o prefeito da cidade de Camaçari, José Trude, montou uma equipe para levar o time para a elite do futebol baiano. Porém, a conquista aconteceu somente em 1991. Já como Camaçari, o time venceu a segunda divisão baiana e ganhou o direito de participar da elite do futebol da Bahia.
Manteve-se na primeira divisão até 1996 e retornou em 1997. Em 1998 fez o melhor campeonato de sua história. Na primeira fase, o Camaçari ganhou cinco jogos, perdeu apenas um e se classificou para a semifinal como segundo do grupo, com o mesmo número de pontos do líder Vitória. Mas teve pela frente novamente o time de Salvador e foi eliminado do primeiro turno.
No segundo turno repetiu a boa campanha na primeira fase. Se classificou, novamente, em segundo do grupo e teve o Bahia como adversário na semifinal. Em casa, a equipe perdeu para o Tricolor baiano por 2 a 0 e, no jogo de volta, conseguiu vencer por 3 a 1. Porém, ficou fora da final, pois o Bahia teve uma melhor campanha na primeira etapa da competição.
Em 1999, o time conseguiu seu principal título. O clube conquistou a Taça Estado da Bahia com uma campanha espetacular. Foi campeão de forma invicta e, dos 14 jogos do torneio, venceu 13 e empatou um. Ainda neste ano participou do Campeonato Baiano e da Copa do Brasil. Na competição nacional, o Camaçari eliminou o Paraná na primeira fase, mas parou na segunda, diante o Internacional.
No ano de 2000, o time voltou ao cenário nacional. Disputou o módulo amarelo da Copa João Havelange, porém não foi bem na primeira fase, terminou em penúltimo do grupo B e foi eliminado.
Em 2001, o Camaçari foi quarto no Campeonato Baiano e teve o artilheiro da competição. O atacante Marcos Chaves foi as redes em 17 oportunidades. A última campanha de destaque do clube foi em 2005, quando a equipe foi vice-campeã da chave do interior do Campeonato Baiano.
Estádio
Estádio Armando Oliveira ( O Armandão)
Com capacidade para 8 mil espectadores o estádio Armando Oliveira é o reduto dos azulinos, torcedores apaixonados pelo Camaça que vão apoiar o clube.
Até o ano de 2005 o estádio se chamava Waldeck Ornellas, sendo que em homenagem a um renomado radialista, Armando Oliveira, falecido em janeiro de 2005.
Recentemente o estádio passou por reformas para poder atender as exigências e sediar jogos do campeonato baiano de 2009.
Títulos
Campeonato Baiano - 2ª Divisão: 2 vezes (1991 e 1997).
Taça Estado da Bahia: 1999.
- MASCOTE
A mascote do Camaçari Futebol Clube é o peixe guarajuba. Essa espécie é encontrada em abundância na região litorânea da cidade sede do time, principalmente na praia a qual leva o seu nome, considerada a mais bela da região.
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