Ainda antes de disputar os torneios profissionais, o Independente ganhou o apelido que carrega até hoje: Galo da Vila Esteves – bairro onde está localizada a sede do clube e alusão ao uniforme, igual ao do Atlético Mineiro, que já carregava o mesmo apelido.
No escudo, apenas uma alteração ao longo de sua história: a letra “I” inserida em um círculo foi substituída por outro muito parecido com o atual, criado em meados de 1960. Posteriormente, somente pequenas mudanças, com a alteração apenas na década de 70, quando um galo foi introduzido, inicialmente, ao brasão. Depois, o galo foi inserido no contorno inferior do escudo, que perdura até hoje.
O Independente participou pela primeira vez de uma competição organizada pela Federação Paulista de Futebol três décadas depois de sua fundação, em 1972, ano em que se tornou profissional. Disputou o Campeonato da Segunda Divisão (atual Série A3) e foi campeão deste torneio no ano seguinte, em 1973, conseguindo o acesso à Divisão Intermediária do Futebol Paulista (atual Série A2). Desde então, o time de Limeira participa, todos os anos, de alguma competição organizada pela FPF.
No entanto, em 1974, o clube não pôde disputar a Divisão Intermediária, em função de seu estádio comportar apenas cerca de duas mil pessoas. Mas em 1975, para atender às exigências da Federação Paulista de Futebol, o clube iniciou uma campanha popular para construir as arquibancadas do estádio municipal Agostinho Prada, o Pradão, em Limeira, aumentando sua capacidade para 10 mil lugares. Só assim pôde disputar o Campeonato da Divisão Intermediária.
Em 1984, a equipe foi rebaixada para a Segunda Divisão e um novo acesso foi conquistado quatro anos depois, quando terminou o campeonato em segundo lugar, em 1988, e adquiriu novamente o direito de disputar a Divisão Intermediária de 1989.
Em 1991, conquistou o Torneio Inicio da Divisão Intermediária da FPF e foi vice-campeão Paulista da Divisão Intermediária. Porém, em 1992, foi rebaixado novamente para a Segunda Divisão, onde permaneceu até 1998. Em 1999, foi campeão da Série B1 do Campeonato Paulista, adquirindo o acesso à Série A3 do Estadual. Em 2007, um importante título: o da Copa Energil C, na final contra o Flamengo de Guarulhos.
Na temporada de 2009, o clube chegou aos seus 65 anos de existência e, na Série B do Campeonato Paulista, não conseguiu passar à segunda fase.
Em 2011, disputou o Campeonato Paulista da Série B, obtendo o acesso à série A3 ao vencer a partida contra o Primeira Camisa no dia 23/10/11 (4 x 0) e sendo campeão desta série ao vencer o Capivariano.
Em crescente ascensão,no ano de 2014 o Independente FC, conhecido carinhosamente como Galo da Vila Esteves, conquistou o acesso ao Campeonato Paulista de Futebol - Série A2, terminando em primeiro lugar do grupo A do quadrangular final, vencendo a Associação Atlética Internacional (Limeira)por 3x1.
Títulos
Campeonato Paulista - Série A3: 1973.Campeonato Paulista - Segunda Divisão: 1999 e 2011.
Estádio
Estádio Comendador Agostinho Prada, conhecido por Pradão, é um estádio de futebol localizado na cidade de Limeira, no estado de São Paulo, tem capacidade para 9.483 pessoas . É o estádio onde o Independente Futebol Clube manda seus jogos.O estádio foi inaugurado em 10 de julho de 1946.
Hino
Nasceu pobre sem fama sem glória
Sem riqueza mas com destemor
De homens confiantes na vitória
Na nobreza na fé e no amor
Nasceu livre modesto e valente
Só a coragem de seu fundador
É que fez do independente
Um pequeno gigante do interior
Dirigido por homens capazes
Trabalhando sem nada temer
Defendido por atletas audazes
Por suas cores lutam até morrer
Apoiado na sua torcida
Que o incentivam com o coração
Preto e branco e a sua bandeira
É o galo de limeira
Com crista de campeão
Independente, Independente,
Seu próprio nome conta sua historia
Foi a fibra de um presidente
Com força e coragem
Que o levou a gloria
Vai crescendo com dinamismo
Quem viver.que guarde na memória
Pra frente, Independente
VITÓRIA, VITÓRIA, VITÓRIA.
Mascote
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