Inicialmente a equipe manteria seu nome e trocaria somente de sede. No entanto, uma campanha feita por uma TV local acabou convocando os espectadores a escolherem o nome do novo time da cidade e a alcunha Indios ganhou força, sendo posteriormente aprovada pela direção do clube.
O símbolo do Ciudad Juárez também teve grande apreciação do povo, que viu na bola de futebol envolta com um Koyera (faixa tradicional usada pelos tarahumara, povo típico do Estado de Chihuahua, onde se localiza a cidade) uma forma de identificação que deixava de lado qualquer estranhamento com o fato da equipe ter sido “importada”.
Os Indios começaram sua carreira no futebol mexicano na Primeira División A, o campeonato de acesso à elite no México. Logo no Clausura 2006, mostraram uma força inesperada, conseguindo chegar até a final do torneio contra o Querétaro F. C. A vitória daria uma vaga na primeira divisão logo em seu ano de estreia, mas o time de Ciudad Juaréz acabou perdendo nos pênaltis a chance de conseguir tamanho feito.
O bom desempenho se seguiu no Apertura daquele ano com a equipe liderando grande parte da competição, mas novamente sucumbindo nos playoffs, desta vez nas quartas-de-final. O Clausura seguinte não foi dos melhores, mas o Apertura 2007 trouxe grandes frutos para o incipiente clube, com o Ciudad Juárez garantindo o título do torneio depois de uma vitória por 7 a 0 no placar agregado contra o Dorados de Sinaloa.
A conquista colocou os Indios contra o León, campeão do Clausura de 2008 pela disputa da única vaga à primeira divisão. Uma vitória por 1 a 0 em casa e um empate por 2 a 2 no jogo de volta garantiram o clube na primeira divisão mexicana, apenas 3 anos depois de sua fundação. Foi ainda mais marcante pelo fato de Ciudad Juárez não ter contado com um representante na elite desde 1992.
Gozando de uma situação financeira melhor com o acesso, o clube se reforçou com alguns nomes mais experientes para o Apertura 2008. O investimento, no entanto, não logrou resultados em um primeiro momento. A equipe acabou perdendo suas quatro partidas iniciais, o que tornou a permanência de Sergio Orduña, técnico responsável pelo acesso à primeira divisão, insustentável.
Para seu lugar foi trazido o uruguaio Héctor Hugo Eugui, ex-Toluca, que deu novo fôlego ao esforço do Ciudad Juárez de não voltar diretamente para a Primera División A. Após sua chegada, o time começou a melhorar no campeonato, conseguindo os pontos que necessitava para fugir do rebaixamento e terminar o torneio na 15ª posição.
A simples permanência na primeira divisão mexicana já poderia ser considerada um feito para um time tão novo e de pouca condição econômica. No entanto, o Clausura 2009 reservou uma surpresa maior para os fãs dos Índios. Depois de passar boa parte do campeonato flertando com o rebaixamento (2 vitórias, 8 empates e 4 derrotas até a 14ª rodada), os Aborigenes encontraram seu bom futebol nas partidas finais. A equipe venceu os dois compromissos seguintes, derrotando o Puebla e o Cruz Azul fora de casa, resultados que lhe garantiram a permanência na elite. Contudo, na última partida do campeonato o Ciudad Juárez fez o que poucos acreditavam ser possível. Graças a uma combinação de resultados favoráveis e uma vitória surpreendente por 3 a 1 sobre o Chivas Guadalajara, a equipe conseguiu terminar o torneio na sétima posição, o que lhe garantiu uma vaga nos playoffs do campeonato.
Os torcedores dos Indios já podiam se dar por satisfeitos antes mesmo de o clube enfrentar o Toluca, campeão do Apertura, nas quartas-de-final, mas os comandados de Eugui estavam dispostos a ir além. Depois de uma vitória em casa por 1 a 0, o Ciudad Juárez segurou o adversário, conquistando o 0 a 0 e a histórica classificação para as semifinais.
A vitória colocou os Indios contra o Pachuca, líder na fase de classificação, em mais um jogo entre um clube ainda iniciante e uma das potências do futebol mexicano. Os torcedores lotaram o estádio do Ciudad Juárez na esperança de que seu apoio pudesse tirar a clara diferença de poderio entre as duas equipes. Contudo, um gol logo aos 18 minutos do primeiro tempo colocou os donos da casa em maus lençóis. Os Indios bem que tentaram, mas o Pachuca conteve a pressão e ainda marcou mais um no final da partida.
As chances de uma nova surpresa dos recém-promovidos eram remotas na partida de volta, mas o clube de Chiauhua partiu para o jogo na casa adversária. Depois de sair perdendo por 1 a 0, os Aborigenes chegaram a virar o jogo para 3 a 1, resultado que deixava a equipe a um gol da classificação, mas acabaram tomando um tento aos 45 da segunda etapa, ficando fora da final.
A dolorosa desclassificação depois de estar tão perto da glória máxima, porém, não deixou os torcedores dos Indios tristes. O simples fato de ter eliminado o Toluca, quase batido o Pachuca e, sobretudo, trazido união a uma comunidade abalada pela constante violência, já podem ser considerados feitos e tanto para uma equipe que tem menos de 5 anos de história. Como o site oficial do Ciudad Juárez bem disse sobre os jogadores dos Indios: “o coração desses guerreiros é do tamanho da cidade”. Permanece na segunda divisão desde o rebaixamento no Torneio Bicentenário de 2010.
Títulos
Primera división 'A' mexicana: Campeón Apertura 2007
Primera división 'A' mexicana: Campeón de Ascenso 2008
Estádio
Apelido La Tribu
http://www.cf-indios.com/