O clube que viria a ser a Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul (S.E.R. Caxias) surgiu em 10 de abril de 1935, resultado da fusão de dois clubes rivais, o Rio Branco e o Rui Barbosa, com a denominação de Grêmio Esportivo Flamengo.Em 1947, o Flamengo foi campeão do Citadino de Caxias do Sul, em cima do Juventude em jogo emocionante na qual todos os jogadores e dirigentes se recordam muito bem. Humilharam o Flamengo dizendo que a equipe iria ser derrotada com a mão nas costas, ouvindo isso os jogadores ficaram enfurecidos e partiram em campo, 
determinados a vencer e foi isso o que aconteceu. O clube voltou a vencer o citadino ano seguinte e em 1953 também.
No ano de 1951, foi inaugurada a Baixada Rubra (hoje o Centenário) e com o passar dos anos, novas obras foram sendo acrescidas. O cercamento do campo com tela - uma novidade, porque até então só existia o parapeito, de madeira, - a construção das primeiras arquibancadas.
Na década de 60, o clube teve apenas um título importante o Campeonato Metropolitano de Porto Alegre. Mas nessa década o clube fez uma excurssão na Argentina, a viagem foi num DC-3, direto a Buenos Aires. Alguns dos times enfrentados não tinham grande força no futebol argentino, mas o então Flamengo jogou com equipes de maior expressão. O clube ganhou muito com a excursão, porque deixou na Argentina a melhor das impressões
Em 14 de dezembro de 1971, devido a dificuldades financeiras, o departamento de futebol uniu-se ao Juventude, que enfrentava situação semelhante. Essa união originou a Associação Caxias de Futebol, nas cores preto e branco, e durou até 1975. Em 17 de Outubro de 1975, uma assembléia votou a troca do nome e a volta da camisa com as cores do Flamengo. Em 28 de novembro do mesmo ano foi aprovada a reforma dos estatutos, com o que a Associação Caxias de Futebol ficava desativada e o Grêmio Esportivo Flamengo passava a se chamar Sociedade Esportiva e Recreativa Caxias do Sul - S.E.R. Caxias. Os empresários da cidade apoiaram financeiramente a equipe, desde que ela levasse o nome da cidade. Nessa mudança voltaram as cores tradicionais do Flamengo: o grená, o azul e o branco. A construção do Estádio Centenário, em 1976, em sete meses, e a participação do time no campeonato brasileiro, representaram a primeira etapa no trabalho do então presidente e hoje patrono do clube, Francisco Stedile. Time e estádio eram condições fundamentais para a entrada do Caxias no grupo dos grandes clubes do futebol brasileiro.
Estádio pronto, time também, o Caxias iniciou sua participação no campeonato mais importante do país como o primeiro representante do interior do Rio Grande do Sul. Naquele ano, o Caxias estreou contra o Santos de Pelé, no Pacaembu. A competição reuniu 54 clubes e o Caxias terminou em 15º lugar, somando 25 pontos. No ano seguinte, o time grená voltou a ter um bom rendimento, ficando em 23º lugar entre 62 equipes. Em 1978, o Caxias teve seu melhor desempenho no campeonato nacional. Numa competição que reunia 74 equipes, o Caxias ficou com a 10º colocação, e por pouco não chegou às quartas de finais.
Em 1991 o Caxias disputou sua primeira Copa do Brasil. Em 1996, conquistou a Copa Daltro Menezes e, em 1998, a Copa Ênio Andrade, lhe dando o direito de disputar a Copa Sul de 1999.
Contudo, foi em 2000 que o clube conquistou o principal título da sua história. Mas a conquista começou muito antes da estréia no Gauchão 2000. O primeiro passo foi dado ainda em janeiro de 1999, quando o clube decidiu apostar no trabalho de longo prazo. A final do Campeonato Gaúcho de 2000 foi contra o Grêmio Foot-ball Porto Alegrense. Na primeira partida da final, dia 14 de junho, no Centenário, o Caxias fez 3 a 0. O jogo da volta, marcado inicialmente para um domingo, foi adiado por causa da chuva. Com uma excelente vantagem, o Caxias entrou em campo numa quarta-feira, dia 21 de junho, para sagrar-se campeão. Foi o que aconteceu. A Capital dos gaúchos ficou tomada pelo grená, branco e azul do clube serrano.
Em 2001, o Caxias chegou bem perto de retornar para a 1a Divisão, terminando em 3º lugar (classificavam-se 2 clubes) na Série-B. Foi desclassificado após jogo tumultuado contra o Figueirense, em Florianópolis (SC), quando a partida terminou antes do tempo regulamentar devido a uma invasão da torcida local.
No ano de aniversário dos 70 anos do clube (em 2005) não houve muito o que comemorar, porque foi rebaixado ao Campeonato Brasileiro Série C em 2006, em 2006 nesta vez na Série C o clube foi eliminado precocemente repetindo isso em 2007.
Com a conquista da Copa Amoretty em 2007, o Caxias sagrou-se tricampeão de Copas organizadas pela Federação Gaúcha de Futebol. Em 1996 conquistou a Copa Daltro Menezes e em 1998 a Ênio Andrade. O clube havia conquistado antes a Copa Daltro Menezes (1996) e a Copa Ênio Andrade (1998).
A conquista do Tricampeonato da Copa FGV foi dramática, pois o Caxias venceu a primeira partida da final contra o Brasil de Pelotas no Estádio Centenário por 1 a 0, perdeu a segunda no estádio do adversário pelo mesmo placar, vindo a conquistar o título após vencer a disputa de pênaltis, por 4 a 2 com os ingressos do Estádio Bento Freitas esgotados um dia antes da partida, mas com cerca de 800 torcedores do Caxias presentes para apoiar o time em Pelotas.
Em 2008, o clube participa da Série C novamente, a meta inicial era garantir vaga na nova Série C de 2009, para depois pensar na vaga para a Série B. A equipe passou da Primeira Fase, mas não da Segunda e perdeu a chance de se classificar na última rodada, o time caxiense tinha que vencer e o Brasil de Pelotas perder. Mas acabou não acontecendo e deixou a vaga para o time pelotense.
Mas a desclassificação não foi ruim para o clube, isso porque fez a 3ª melhor campanha da 2ª Fase, sendo que os quatro melhores se classificavam para a Série C 2009, isso garantiu o Caxias na nova Série C.
Escudo
Criado nas cores Grená, Branco e Azul, o distintivo da S.E.R. Caxias do Sul possui especial identificação com a cidade. Formado por uma roda dentada de nove dentes, com um deles apontados para o norte, simbolizando a força da metalurgia da Região da Serra Gaúcha, tem seu interior dividido em três partes, na superior as letras S.E.R., na intermediária a palavra “CAXIAS” e na parte inferior os dizeres “DO SUL”. Traz o nome da entidade, da cidade, o resgate das cores do Grêmio Esportivo Flamengo, sendo a cor Grená uma homenagem à uva, com amplo cultivo na região, e ao vinho, bebida típica do imigrante italiano, colonizador da cidade.
Títulos
Campeonato Gaúcho: 2000.Campeonato Gaúcho - 2ª Divisão: 1953
Copa FGF: 2007.
Campeonato Citadino de Caxias do Sul: 5 vezes (1937, 1942, 1947, 1948 e 1953).
Campeonato Metropolitano de Porto Alegre: 1960.
Copa Daltro Menezes: 1996.
Copa Ênio Andrade: 1998.
Estádio
O Estádio Francisco Stedile, popularmente chamado de Centenário, é um dos maiores e melhores estádios do país.
Concluído em apenas seis meses pelo ex-presidente e patrono do clube, Francisco Stedile, o Centenário serviu de passaporte para o clube disputar a série A do Campeonato Brasileiro de 1976, tornando-o pioneiro no interior do Rio Grande do Sul.
No dia 12 de setembro de 1976 houve a partida inaugural do Estádio Francisco Stedile. Na oportunidade, o time grená venceu o Sport Club Internacional por 2 a 1. O primeiro gol do Centenário foi marcado por Osmar, jogador do Caxias, em cobrança de falta.
No dia 15 de setembro de 1976, houve a inauguração dos refletores num empate em zero a zero com o Palmeiras. Essa partida marcou até hoje um dos maiores públicos em um jogo de futebol na cidade de Caxias do Sul, aproximadamente 30 mil torcedores.
Atualmente, o Estádio tem capacidade total para 27.538 espectadores, disponível com arquibancadas, cadeiras, camarotes, mezaninos e cabines de imprensa. Há local para estacionamento e inúmeras salas, utilizadas para atividades do clube.
Hino
Letra: Dirceu Antônio Soares
Música: Antônio Messias e Dirceu Antônio Soares
Ser Caxias é ser desportista
E um bravo honrador da história
Seguir sempre com muita justiça
A longa impávida senda da glória
O passado, o suor e a esperança,
Um presente de glória e emoção
Jubilando os nossos desportos, consagrados
por esta nação.
Meu sangue é grená e azul
Aliado ao branco pureza
Me dá vida e orgulho, ô Caxias
A minha alegria é a tua grandeza.
Ô bandeira em punho desfraldada
Tu hás de muito brilhar
nosso povo cheio de fervor
Na alegria ou na dor há de sempre gritar...
Mascote
A S.E.R. Caxias do Sul possui dois mascotes oficiais, o Falcão e o Bepe.
Falcão - Inspirado nas cores do clube, o Falcão é o mascote que batizou o antigo Centro de Treinamento (Ninho do Falcão) e uma das categorias de sócios (Falcão Grená). Em 2005, com o lançamento de selo comemorativo aos 70 anos, o Falcão Grená acabou por inspirar o cartunista Iotti que desenhou o selo com o Falcão Grená e os distintivos da S.E.R. Caxias do Sul e do G.E. Flamengo.
Bepe - Cria do cartunista Iotti, surgiu nos anos 90, popularizando-se rapidamente. Inspirado pelas características do imigrante italiano que colonizou a região Nordeste do Rio Grande do Sul. Fanfarrão e irônico, preza as coisas boas da vida: mesa farta, vinho (bordô, é claro), estádio lotado (com muitas ragazzas, lógico) e grandes jogos.