Sua estréia no futebol profissional se dá, em 1981, quando disputa o Campeonato Estadual da Terceira Divisão. É o terceiro colocado no certame que promoveu o campeão Mesquita Futebol Clube e o vice Rubro Atlético Clube.
Em 1982, é o segundo colocado na primeira fase, classificando-se para o quadrangular final, no qual é o último colocado, e que promoveu Esporte Clube Siderantim e Clube Esportivo Rio Branco.
Em 1983, se classifica em terceiro em sua chave, voltando a figurar na fase final composta por sete equipes. Fica na posição de sexto colocado no certame que promoveu o Nacional Foot-Ball Club e a Associação Atlética Cabofriense.
Em 1984, se licencia do campeonato provavelmente por problemas de ordem financeira. Volta em 1985, com uma campanha bastante fraca, permanecendo na última posição na fase inicial em uma chave composta de seis times.
Em 1986, protagoniza um clássico duelo no estádio do Maracanã contra o Tomazinho Futebol Clube na preliminar de uma decisão de Estadual entre Clube de Regatas Vasco da Gama e o Clube de Regatas Flamengo. Naquele campeonato da Terceira Divisão foram promovidos o próprio Tomazinho e o Esporte Clube Nova Cidade, de Nilópolis, que começava a sua trajetória ascendente rumo à Primeira Divisão. O Coelho da Rocha foi o quarto na classificação geral.
Em 1987, é o último colocado entre quatro agremiações de sua chave e é precocemente eliminado do campeonato. Em 1988, termina como líder da primeira fase em seu grupo, se habilitando à seguinte, à qual fica em segundo, caindo ante ao Itaguaí Atlético Clube, que chega às semi-finais. Foram promovidos naquele ano o União Nacional Futebol Clube e o América Futebol Clube de Três Rios.
Em 1989, advém um novo período de licença que perdura até o ano seguinte quando a agremiação das cores preta, vermelha e branca retorna à Terceira Divisão de Profissionais. Em 1990, a campanha é ruim. É apenas o último colocado em uma chave composta de nove participantes, e acaba eliminado.
Em 1991, com a transformação da Segunda Divisão em Módulo "B" da Primeira, o clube é remanejado à Segunda Divisão, na prática a antiga Terceira. Fica em último na sua chave composta de oito equipes.
Nos dois anos seguintes o Coelho da Rocha se distancia novamente dos campeonatos de âmbito profissional devido a problemas de ordem financeira.
Em 1994, volta na mesma Segunda Divisão. A campanha é regular. Sexto colocado em um grupo composto de dez agremiações. Não se classifica para a fase posterior.
Advém um novo período de licenciamento que dura até 1997, quando volta na Quarta Divisão, conquistando o vice-campeonato, ao perder a final para o Cosmos, de São Gonçalo.
No ano seguinte, se licencia novamente do profissionalismo. Volta, em 1999, na Terceira Divisão com um retrospecto bastante bom. Se classifica em segundo em sua chave, perdendo a liderança para o Everest Atlético Clube. Na segunda fase termina em quarto em outra chave e não chega às finais do certame vencido pelo Angra dos Reis Esporte Clube.
Em 2003, joga o seu último campeonato em âmbito profissional ao disputar a Terceira Divisão de Profissionais. Se classifica em segundo em sua chave,, chegando à segunda fase. Nesta, acaba eliminado ao ficar em quarto lugar numa chave que classificou apenas dois clubes, o Bonsucesso Futebol Clube e o Três Rios Futebol Clube.
Problemas de ordem financeira e maiores exigências por parte da FFERJ fizeram com que o clube se afastasse das competições profissionais, se dedicando somente aos campeonatos de São João de Meriti, promovidos pela Liga Independente de Futebol Meritiense, os quais sempre se destaca. Todavia, não está descartada uma futura volta da agremiação à disputa dos campeonatos promovidos pela FFERJ.
Foi no estádio do Coelho da Rocha, o José Amorim Pereira, que Ronaldo "Fenômeno" fez a sua estréia nos gramados, assinando a sua primeira súmula. Ele estreou pelo São Cristóvão de Futebol e Regatas no dia 12 de agosto de 1990, quando tinha apenas 13 anos, em um jogo contra o Tomazinho Futebol Clube. Marcou três gols na vitória por 5 a 2 pelo Estadual da categoria Mirim.
Estádio
Manda seus jogos no estádio José Amorim Pereira, que possui capacidade para 5.000 pessoas, e que possui até refletores. O Coelho da Rocha veste vermelho, preto e branco.