A História da Associação Atlética São Mateus começa no dia 13 de dezembro de 1963, a partir da iniciativa do Padre Antônio Pianca, que organizou um time formado basicamente por seminaristas da Congregação Mariana e que treinavam em um campo localizado no Bairro Sernamby, onde atualmente está localizado o Estádio Manoel Moreira Sobrinho. O padre tinha por intenção proporcionar aos seminaristas uma nova forma de lazer, diversão e distração.
O campo onde treinavam havia saído construído pela comunidade do bairro, com o fim de criar um espaço comunitário para o desenvolvimento de atividades esportivas e sociais das crianças, adolescentes e jovens.Com certa regularidade de jogos e a supervisão de João Nardoto Filho, seu primeiro presidente, o time passou a se chamar Centro Educativo Recreativo Associação Atlética Paroquial', sendo que até o ano de 1970 disputava partidas marcantes com o Industrial, de Linhares, que originaram uma rivalidade que ultrapassaria décadas entre as duas cidades. Os jogos contra o Matheense Football Club, também do bairro Sernamby, eram verdadeiros clássicos, recheados de rivalidade.
Em 1971, o clube mudou de nome e passou a ser conhecido como Centro Educativo Recreativo Associação Atlética Desportiva (AAD), para mais tarde se tornar Centro Educativo Recreativo Associação Atlética São Mateus.
Em 1975, quando ganhou personalidade jurídica, o São Mateus conquistou o 1º Campeonato do Norte do estado, passando a ser conhecido como O Gigante do Norte. O primeiro Campeonato Capixaba da 1ª Divisão que disputou foi em 1976, conquistando o troféu de Campeão Estadual do Interior.Nessa época também, a diretoria do então presidente José Geraldo de Andrade entrou com uma ação na justiça reivindicando a posse do estádio. A justiça entendeu que era correta a reivindicação e a posse do estádio foi dada ao clube por usucapião.
No ano de 1979, a diretoria do clube decidiu voltar a disputar torneios amadores, por serem mais rentáveis. Nesse período o São Mateus foi tri-campeão do Campeonato Estadual de Amadores (1984, 1985 e 1986) e bi-campeão do Campeonato do Norte Capixaba (1984 e 1985).
Devido as conquistas no cenário amador e ao temor a camisa alvi-anil que os adversários tinham, em 1987 o clube voltou ao cenário profissional, sendo o campeão da primeira edição do Campeonato Capixaba da Série B, retornando assim a Série A em 1988.
No ano de 1994, o São Mateus foi Vice-campeão Capixaba, após a Desportiva Ferroviária conquistar ambos os turnos da competição.
No ano de 1995, o São Mateus disputou o seu primeiro campeonato nacional, o Campeonato Brasileiro da Série C, vaga conquistada com o vice-capixaba do ano anterior. Nessa competição, a Associação foi a nonagésima colocada no geral, com quatro pontos conquistados, decorrentes de quatro empates.
Em 1999, disputou sua primeira Copa Centro-Oeste, aplicando a maior goleada da competição naquele ano, 8x0 encima do Ivinhema-MT. Nesta competição, a Assossiação também teve a defesa menos vazada, com apenas 2 gols sofridos, terminando em 6º lugar.
No ano de 2000, o clube realizou a maior façanha de sua história, ao ser terceiro colocado Copa Centro-Oeste, após empatar, nas semi-finais, em ambos os jogos por 1x1 com o Vila Nova-GO, que conquistou a vaga por ter melhor campanha que a Associação. Vale ressaltar também que o São Mateus classificou-se as semi-finais como primeiro do seu grupo (grupo B). Neste mesmo ano, devido a esse feito, o clube passou a ser conhecido como O Pit Bull do Norte.
Após o terceiro lugar na Copa Centro-Oeste, a Associação passou por um período de estagnação, com resultados medianos no Campeonato Capixaba, o que gerou certa insatisfação da torcida.
No ano de 2005, o clube montou uma das equipes mais fortes do Capixabão, sendo terceira colocada na competição. Nesse mesmo ano, o São Mateus fechou uma parceria com o Fluminense, do Rio de Janeiro. Para comemorar a iniciativa, foi marcado um jogo amistoso entre a equipe capixaba e a categoria sub-23 do clube carioca. O São Mateus, para cerca de 5 mil pessoas, debaixo de forte chuva e com direito a apagão dos refletores venceu o Fluminense por 3x1.
No ano de 2006, foi montada uma equipe em parceria com uma empresa de Ibiraçu. O projeto não rendeu como esperado e o clube foi rebaixado com apenas um ponto conquistado no Campeonato Capixaba.Em 2007, sob a presidência de Joelson de Oliveira, o clube foi quinto colocado no Campeonato Capixaba da Série B
Após ser rebaixado em 2006 e ter ficado em quinto lugar na Série B de 2007, em 2008 o São Mateus entra na competição como umas das equipes favoritas ao título e consegue se classificar às semi-finais da competição em primeiro lugar, após golear o GEL por 4x1 dentro do Sernamby.
Nas semi-finais o São Mateus enfrentou a equipe do Vitória, empatando por 2x2 o primeiro jogo em Bento Ferreira e goleando por 3x0 no segundo dentro do Sernamby, garantindo assim vaga na Série A de 2009.
Nas finais encarou o GEL, que havia derrotado a badalada equipe do Estrela. O primeiro jogo, em Serra, terminou em 2x2.
No jogo de volta, em São Mateus, a equipe alvi-anil saiu na frente do marcador, deixando o GEL virar para 2x1, placar que persistia até 37 minutos do segundo tempo, quando o xodó da torcida mateense, Ferrugem, empatou o jogo com um chute de fora da área. O resultado que se mateve até o fim da partida deu o título ao São Mateus, por ter feito melhor campanha que o GEL.Após ser campeão capixaba da Série B, a diretoria do São Mateus chegou a ameaçar de não disputar a Série A de 2009 alegando falta de recursos para a disputa do mesmo campeonato. Caso isso tivesse acontecido, o clube seria novamente rebaixado à Série B. Mas faltando apenas poucas semanas para o inicio do Capixabão, o presidente Joelson de Oliveira incumbiu Pedro Artur (supervisor), Barto (gerente de futebol) e Vevé (técnico) de formarem uma equipe as pressas e que era composta de jogadores desconhecidos até então no cenário capixaba. Sua proposta e principal meta era não deiixar novamente o clube ser rebaixado. Mas a desconhecida equipe e que até então levantava desconfiança da torcida, realizou uma das melhores campanhas da história do Campeonato Capixaba, classificando em primeiro lugar para as semi-finais na penúltima rodada, enfrentando assim o Vilavelhense, sendo derrotado no Salvador Costa por 1x0 e vencendo no Sernamby por 2x0, classificando-se assim às finais do certame estadual.
Nas Finais, o São Mateus enfrentou a segunda melhor equipe da competição, o Rio Branco, que vinha de um jejum de 24 anos sem ser Campeão Capixaba. No Primeiro jogo, no Engenheiro Araripe para mais de 8000 pessoas, o Rio Branco venceu pelo placar de 2x1, com direito até a contusão do juiz no segundo tempo.
Na partida de volta, no Sernamby, a equipe Capa Preta saiu na frente do placar, colocando uma vantagem de 2x0, iniciando assim uma série de eventos duvidosos por parte da equipe de Vitória.
Após o primeiro gol da equipe mateense a confusão se instalou e após alguns minutos de violência, o arbitro Devarly do Rosário deu continuidade a partida, que não durou muito tempo, pois exatamente após o reinicio, Bombom empatou para o São Mateus, o que novamente acarretou em paralisação.
Após quase 20 minutos de vandalismo, novamente o arbitro deu continuidade ao jogo, que não continuou por muito tempo. O senhor Devarly do Rosário viu-se obrigado a encerrar a partida com apenas 16 minutos de bola rolando no segundo tempo, após o atleta do Rio Branco Elder contundir-se bizarramente após cobrar um lateral.
O campeão capixaba acabou sendo decido nos trubunais. O Pleno do TJD da FES decidiu que o título deveria ser dado ao São Mateus e após alguns meses, o Pleno do STJD decidiu o mesmo, sagrando definitivamente o São Mateus como Campeão Capixaba de 2009.
No mês de agosto, decidi-se que o São Mateus deveria disputar a Copa Espírito Santo numa parceria com o Veneciano, de Nova Venécia. Os jogos seriam mandados no Zenor Pedrosa Rocha, naquela cidade, mas os planos esbarraram na capacidade do estádio, que é de apenas 1600 pessoas, sendo que o regulamento exige no mínimo 2000.
No mês de setembro foi anunciado que o Estádio do Sernamby foi posto a venda, pelo valor de 9 milhões. Os objetivos da venda são de sanar as dividas do clube, que gira em torno de 800 mil e construir um novo estádio, nos moldes do Conilon, em Jaguaré, com capacidade para 15 mil pessoas.
Em 2010, a equipe clube disputou sua primeira Copa do Brasil, contra o Remo, do Pará, sendo eliminada na primeira fase, ao ser derrotada por 2 a 1 e 4 a 1.
Títulos
Campeonato Capixaba de Futebol: 2009
Campeão Capixaba da Série B: 2 vezes 1987 e 2008
Estádio
O Estádio Manoel Moreira Sobrinho, mais conhecido como Estádio do Sernamby é a casa do torcedor mateense. Sua capacidade, inicialmente, era de 1500 lugares. Com posteriores ampliações, o estádio, em meados da década de 1990, passou a ter a capacidade de 5000 lugares e com a mais recente ampliação, em 2004, o estádio possui hoje a capacidade de acomodar 7000 torcedores.
Seu primeiro lance de arquibancadas não possui data precisa de construção, mas há relatos de que seja uma construção do final da década de 1960 ou início da década de 1970. Por se tratar de um projeto arquitetônico de quase 40 anos, adicionando a incompetência de administrações passadas, hoje o Sernamby corre sério risco de ter a sua capacidade reduzida a 5500 lugares, pois por tal lance de arquibancadas é travada uma queda de braço entre o clube e a FES (Federação de Futebol do Estado do Espírito Santo), que, segundo laudos do Corpo de Bombeiros, afirma que a arquibancada não possui mais condições de uso. Já o clube baseia-se em laudos de engenheiros civis para afirmar que a arquibancada está em condições de plena utilização.
Alcunhas: Pitbull do Norte, Alvianil do Sernamby, Gigante do Norte, Azulão, Associação, São Teteu