O Araçatuba foi fundado em 15 de dezembro de 1972 tendo como 1º presidente Geraldo da Costa e Silva. O Ferroviário do Santana inspirou a criação do Esporte Clube Ferroviário, clube que se tornou profissional nas mãos do comerciante Hélio Protti, dono de selaria, e disputou os quadrangulares finais da antiga Divisão Especial (atual A-2) nos anos de 1967 e 1968. Dirigido pelo folclórico João Avelino, o popular 1971, o time foi eliminado na reta final. Em 1969, o Ferroviário virou o Araçatuba Futebol Clube, que em 1971 se transformou em T-Maia — o time profissional da cidade passou a ter o patrocínio do frigorífico do milionário pecuarista Sebastião Ferreira Maia. Apenas em 1972, quando o então presidente da Federação Paulista, Mendonça Falcão, proibiu que os clubes tivessem nome de empresas, foi criada a AEA.
Atualmente a equipe enfrenta uma grave crise dentro e fora do campo. A equipe venceu pela última vez em 31 de julho de 2005 - a equipe foi rebaixada de divisão nas últimas duas temporadas (da segunda para a quarta divisão do Campeonato Paulista). Devido ao desempenho da equipe (o pior dentre as equipes das três principais divisões do campeonato paulista), a AEA já foi chamada de "Íbis Paulista", numa alusão à equipe pernambucana do Íbis Sport Club.
Atualmente a equipe se encontra licenciada da federação paulista.
Estádio:
Ademar de Barros
Capacidade: 18.000 pessoas
Títulos
Campeonato Paulista - Série A2: 3 vezes 1973, 1991 e 1994)
Alcunhas: AEA, Canarinho
Mascote: Canário