Nos primeiros anos de sua existência, por não haver competições organizadas na cidade, a atividade futebolística do Paulista se limitava a disputas internas entre os associados e esporádicos jogos amistosos contra outras equipes. Em seus primeiros tempos, o clube utilizou um campo na atual Vila Rio Branco, e em 1913 mudou-se para instalações em um terreno na Vila Leme.
Em 1919, o Paulista filia-se a A.P.E.A (Associação Paulista de Esportes Athléticos) e passa a disputar o Campeonato do Interior, tendo como adversários Ponte Preta, Guarani, Rio Claro, XV de Piracicaba, Comercial, Taubaté e Corinthians Jundiaiense, entre outros. Logo em seu primeiro ano na competição, o Paulista sagra-se campeão da fase.
A decisão do título Estadual aconteceu em São Paulo, contra o Club Athlético Paulistano, campeão da capital, que derrotou o Paulista por 5 a 4, tendo o gol decisivo marcado pelo célebre Arthur Friedenreich.
Em 1928 foi inaugurada a iluminação do campo da Vila Leme, graças a contribuições financeiras da Companhia Paulista de Estradas de Ferro, com um amistoso contra a Ponte Preta que terminou empatado por 2 a 2. Nesse mesmo ano o Paulista transferiu-se da A.P.E.A. para a L.A.F. (Liga de Amadores de Futebol). Em 1930 a Liga foi desfeita e o Paulista voltou a disputar os campeonatos da A.P.E.A., o que fez até 1933, quando ingressou na recém-criada Federação Paulista de Futebol.
No início dos anos 40, a direção do Paulista passou a estudar a construção de um novo estádio na Vila Leme, para oferecer mais opções de lazer aos associados e maior conforto aos atletas e à torcida. Em 19 de agosto de 1944 o presidente Sidney John Normanton anunciou o lançamento da pedra fundamental do estádio "Engenheiro Jayme Pinheiro de Ulhoa Cintra", nome que homenagearia um dos principais incentivadores do clube, mas as obras não foram à frente devido à retração econômica, que impediu o clube de reunir os recursos necessários.
Em 1948 a Federação Paulista de Futebol criou a "Lei do Acesso", abrindo vagas para a 2ª Divisão de Profissionais, ou Divisão Intermediária, como foi chamada por muito tempo. Onze clubes, sendo oito da capital e três de Santos, disputavam a 1ª Divisão; e o objetivo da "Lei do Acesso" era completar 12 times na divisão principal.
O Paulista passou a disputar a "Divisão Intermediária" tão logo esta foi criada, iniciando, assim, sua fase profissional. O time, até então associado basicamente aos ferroviários, assumiu o papel de representante de toda a cidade.
Nesse meio tempo, por enfrentar dificuldades para construir o "Jayme Cintra" na Vila Leme, o Paulista passa a procurar um outro local para seu estádio, e identifica uma área no Jardim Pacaembu. O novo estádio foi inaugurado em 1957, com um amistoso em que o Paulista venceu o Palmeiras por 3 a 1.
O primeiro acesso do Paulista à divisão principal ocorreu em 1968, após uma seletiva final em que enfrentou Francana, Ferroviário de Araçatuba, Ponte Preta, Bragantino e Barretos. Dez anos depois o clube foi rebaixado, mas retornou em 1984 após golear o Vocem de Assis por 7 a 1, em São Paulo, no estádio do Parque Antarctica. Foi durante a gestão da diretoria comandada pelo Sr Josep Pfulg, que durou de maio de 1980 a dezembro de 1985. É de se reconhecer que o ilustre presidente Pfulg, com sua determinação e alto espírito de cidadania, impediu o sepultamento deste clube que, na época, estava fadado a virar cinzas, mergulhado em dívidas e problemas insolúveis.
Além de realizar várias obras no estádio, saneou as finanças do clube com aporte de recursos publicitários de sua empresa (Vulcabrás), além de recursos próprios, restaurando a credibilidade do clube e equacionando graves problemas fiscais e trabalhistas, preservando o patrimônio do clube (estádio).
Rebaixado novamente em 1986, o Paulista passa a ver na associação com empresas a alternativa mais factível para estruturar-se, ganhar competitividade, retornar à Primeira Divisão e nela permanecer em condições de estabilidade.
A primeira experiência nesse sentido foi com o grupo coreano Magnata, que não teve conseqüências relevantes. Em 1995 o Paulista junta-se à Lousano, em um dos primeiros contratos de co-gestão do futebol brasileiro. Logo no primeiro ano, a parceria produz bons resultados, com o clube subindo da Série A3 para a Série A2 do futebol paulista. Com essa parceria, muitos craques consagrados vestiram a camisa do clube como Casagrande e Toninho Cerezo.
Outro efeito marcante da parceria com a Lousano foi o investimento na formação de jogadores pelas categorias de base, que produziu um resultado espetacular no início de 1997: o Paulista venceu a concorrida e altamente prestigiada Copa São Paulo de Juniores, principal torneio brasileiro de divisões de base.
Desfeita a parceria com a Lousano em 1998, o Paulista se associa à Parmalat, que altera o nome do clube para Etti Jundiaí. A mudança desagradou a parcela expressiva da torcida, mas trouxe resultados imediatos em campo, com o time vencendo o Campeonato Paulista da Serie A2 e o Brasileiro da Série C, ambos em 2001.
Em 2002 a Parmalat anunciou a retirada de seus investimentos em futebol e o time passou por uma curta fase de transição, durante a qual se denominou Jundiaí Futebol Clube. Finalmente, um plebiscito entre os torcedores devolveu-lhe, por expressiva maioria, o nome de Paulista Futebol Clube.
Deixando de contar com uma parceria empresarial de peso, o clube passou a subsistir, não sem alguma dificuldade, com as receitas de bilheteria, patrocínios esparsos, direitos de transmissão e transferência de jogadores. Contudo, o orçamento mais modesto não o impediu de se manter competitivo e, no Campeonato Paulista 2004 – Séria A1, depois de uma belíssima campanha, na qual derrubou times como Ponte Preta e Palmeiras, conquistou o vice-campeonato, sendo superado apenas pelo São Caetano na final.
Mas ainda faltava um título de expressão, que com muito orgulho chegou em 2005. Depois de uma boa campanha pelo Campeonato Paulista 2005, ficando na 6º colocação, o Brasil se encantou com o Galo da Japí quando se consagrou CAMPEÃO da COPA DO BRASIL após vencer times da elite do futebol brasileiro, como Juventude/RS, Botafogo/RJ, Internacional/RS, Figueirense/SC, Cruzeiro/MG e Fluminense/RJ.
A vitória na Copa do Brasil qualificou o Paulista a disputar sua primeira competição internacional, a Copa Libertadores, em 2006. O clube foi eliminado ainda na primeira fase, mas não sem conseguir um resultado expressivo, ao derrotar o River Plate da Argentina por 2 a 1 no estádio Jayme Cintra. Ainda em 2006, o Galo disputou a Série B com chances de acesso até a última rodada. Paulista foi o destaque da Série B de 2006 quando aplicou uma bela goleada no Paysandu por 9 a 0 no estádio Dr. Jayme Cintra, em Jundiaí.
Porém, o Galo não conquistou o acesso à Série A, pois o América de Natal, empatado em número de pontos, tinha um melhor saldo de gols.
Em janeiro de 2007 o Paulista passou a fazer parte do projeto Campus Pelé que é um ambicioso e inovador projeto de estímulo aos jovens jogadores brasileiro. O Paulista é um dos pilares do projeto, sendo os outros: construção do Campus Pelé (Jundiaí), utilização da marca Pelé, parceria com um clube europeu, o FC Lausanne Sport (Suíça) e incorporação do Litoral Futebol Clube (Santos).
Fazendo parte deste complexo e bem–estruturado projeto, o Paulista tem uma perspectiva futura muito boa para se tornar referência na formação de atletas e para se consolidar como uma equipe forte e consistente já nos próximos anos.
Títulos
Campeonato Brasileiro - Série C: 2001.
Campeonato Paulista do Interior: 2 vezes (1919 e 1921).
Campeonato Paulista - Série A2: 2 vezes (1968 e 2001).
Copa FPF: 1999.
Estádio
No início dos anos 50, moradores das proximidades do estádio da Vila Leme passaram a reivindicar a abertura de uma rua, que teria sido fechada pelo Paulista quando da construção do estádio.Dados os problemas, o presidente do Paulista, o engenheiro Odil Campos Sales, começa a estudar locais para a construção de um novo estádio.
O novo estádio tricolor foi apresentado à torcida no dia 30 de maio de 1957, com um amistoso contra o Palmeiras. O Paulista venceu o jogo por 3 a 1 e coube a Belmiro, atacante tricolor, a honra de marcar o primeiro gol no Jayme Cintra.O Paulista transferiu-se oficialmente da Vila Leme para o Jardim Pacaembu em 29 de fevereiro de 1958.
Capacidade 15500
Hino
Letra: Rubens Décio Echenberger
"Tricolor, meu time amado,
Teu caminho é o da glória,
Segue avante no gramado,
Traz os louros da vitória,
Mas se a luta te enfraquece,
A poder dos desenganos,
A história não te esquece,
Tu és Paulista, dos veteranos,
Paulista, Paulista, Paulista,
É o jundiaense que quer ver-te campeão,
Paulista, Paulista, Paulista,
Tu és o club e mais querido torrão,
Paulista, Paulista, Paulista,
Tua bandeira gloriosa quer por ti,
Guardar silente a alegria da conquista,
Tu és Paulista, de Jundiai".
Mascote
Existem inúmeras versões para a escolha do Galo como mascote do Paulista. As principais, no entanto, envolvem a rivalidade existente nos campeonatos amadores da cidade, sobretudo entre Paulista e o Comercial, nos anos 40. Conta a história que, em um jogo disputado no estádio da Vila Leme, a torcida do Paulista atirou um galo ao campo. Como estavam perdendo o jogo, os jogadores comercialinos trataram logo de iniciar uma verdadeira caça a ave, proporcionando cenas dignas de uma comédia pastelão. Os torcedores do Paulista, é claro, passaram a torcer pelo Galo.
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