Fundado no dia 09 de novembro de 1925 e em suas duas primeiras décadas de existência disputou partidas amistosas e torneios regionais. Apenas no ano de 1951 participou pela primeira vez de uma competição da Federação Paulista de Futebol, o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, ao lado de XV de Jaú, Internacional de Bebedouro e Monte Azul, entre outros.
Porém, no ano seguinte, o clube voltou ao amadorismo, disputando apenas competições regionais, estaduais e jogos amistosos com sua equipe juvenil (que foi criada em 1937). Após sete anos longe de competições profissionais, o Mirassol retornou, em 1960, para disputar o Campeonato Paulista da Terceira Divisão. No ano seguinte passou a disputar a Segunda Divisão Estadual, onde permaneceu por quatro temporadas.
Em 1964 houve a fusão com outra equipe da cidade (uma cidade do tamanho de Mirassol não comportava na ocasião espaço para duas agremiações), o Grêmio Recreação Esporte Cultura (GREC), outro clube da cidade que até então disputava campeonatos da Federação Paulista de Futebol, inclusive tendo se sagrado campeão em 1959 do extinto Campeonato Paulista da Terceira Divisão. Com isso, o clube mudou seu nome para Mirassol Atlético Clube, deixando as cores verde e amarela de lado para adotar a azul e branca.
Com a nova denominação, disputou o Campeonato Paulista da Segunda Divisão entre 1965 e 1968 e, nos três anos seguintes, interrompeu a participação profissional nos torneios estaduais e, em 1972, estava de volta no Campeonato da Segunda Divisão. Em 1975 sagrou-se campeão da Série B da Segunda Divisão Estadual.
Após essa conquista, o clube permaneceu inativo, a partir de 1976, por falta de recursos. Após isso, os dirigentes se reuniram e o clube voltou a ter o nome original, Mirassol Futebol Clube, e novamente com o uniforme nas cores verde e amarela. De volta às atividades em 1982, disputou, até 1985, o Campeonato Paulista da Terceira Divisão, ano em que conquistou o vice-campeonato, obtendo o acesso para a Segunda Divisão.
Em 1987 foi campeão da Segunda Divisão na repescagem e passou a disputar o Campeonato Paulista Série Especial que, mais tarde, passou a se chamar Intermediária. Em 1993, o Mirassol caiu novamente para a Segunda Divisão.
Em 1997, foi campeão Paulista da Série A-3, conquistando pela primeira vez o acesso para a série A-2 do Campeonato Paulista. Na final, derrotou a equipe de Santa Bárbara d’Oeste na final em Santa Bárbara por 1 x 0, gol do centroavante Rogério. Neste campeonato o Mirassol revelou o zagueiro Dininho, que posteriormente faria carreira brilhante em clubes como São Caetano e Palmeiras.
Nos anos de 1998 e 1999, a categoria de base rendeu conquistas para o clube. Os juniores foram vice-campeões estaduais, perdendo as finais respectivamente para Palmeiras e São Paulo. Os profissionais, em 1998, no primeiro ano de A-2 lutaram contra o rebaixamento e terminaram em 12º lugar de 16 participantes. Nos dois anos seguintes, 1999 e 2000, o Mirassol chegou às fases finais da competição, deixando escapar o acesso nos últimos jogos.
Em 2001 e 2002 o Leão fez campanhas apenas regulares na série A-2. Em 2003, mesmo gastando muito dinheiro e apesar de um bom começo de campeonato, as muitas trocas de treinadores e de jogadores resultaram no rebaixamento do clube à Série A-3 do Campeonato
Paulista. Porém, voltou à Série A-2 no ano seguinte, depois de ser o vice-campeão da A-3 - perdeu a decisão do título para o Sertãozinho. Neste mesmo ano outra categoria do clube acabou uma competição estadual em segundo: o Sub-17 foi vice-campeão Paulista, sendo derrotado pelo Santos.
No ano de 2005, o Mirassol terminou o Campeonato Paulista da Série A-2 na quinta colocação, ficando muito próximo do acesso (precisava de uma vitória na última rodada e apenas empatou com o Bandeirante de Birigui).
Em 2007, o clube terminou a Série A-2 na terceira colocação, atrás apenas de Portuguesa e Rio Preto, e pela primeira vez na sua história vai disputar a primeira divisão do campeonato paulista.
O leão é a mascote preferida entre os dezenas de clubes filiados a FPF. Em Mirassol, o leão ganhou fama pelo seu desempenho na região da Alta Araraquarense do Estado de São Paulo.Por sua força e liderança, o Mirassol escolheu o leão para ser a mascote do clube demonstrando na imagem do animal a punjança do futebol da cidade.
Porém, no ano seguinte, o clube voltou ao amadorismo, disputando apenas competições regionais, estaduais e jogos amistosos com sua equipe juvenil (que foi criada em 1937). Após sete anos longe de competições profissionais, o Mirassol retornou, em 1960, para disputar o Campeonato Paulista da Terceira Divisão. No ano seguinte passou a disputar a Segunda Divisão Estadual, onde permaneceu por quatro temporadas.
Em 1964 houve a fusão com outra equipe da cidade (uma cidade do tamanho de Mirassol não comportava na ocasião espaço para duas agremiações), o Grêmio Recreação Esporte Cultura (GREC), outro clube da cidade que até então disputava campeonatos da Federação Paulista de Futebol, inclusive tendo se sagrado campeão em 1959 do extinto Campeonato Paulista da Terceira Divisão. Com isso, o clube mudou seu nome para Mirassol Atlético Clube, deixando as cores verde e amarela de lado para adotar a azul e branca.
Com a nova denominação, disputou o Campeonato Paulista da Segunda Divisão entre 1965 e 1968 e, nos três anos seguintes, interrompeu a participação profissional nos torneios estaduais e, em 1972, estava de volta no Campeonato da Segunda Divisão. Em 1975 sagrou-se campeão da Série B da Segunda Divisão Estadual.
Após essa conquista, o clube permaneceu inativo, a partir de 1976, por falta de recursos. Após isso, os dirigentes se reuniram e o clube voltou a ter o nome original, Mirassol Futebol Clube, e novamente com o uniforme nas cores verde e amarela. De volta às atividades em 1982, disputou, até 1985, o Campeonato Paulista da Terceira Divisão, ano em que conquistou o vice-campeonato, obtendo o acesso para a Segunda Divisão.
Em 1987 foi campeão da Segunda Divisão na repescagem e passou a disputar o Campeonato Paulista Série Especial que, mais tarde, passou a se chamar Intermediária. Em 1993, o Mirassol caiu novamente para a Segunda Divisão.
Em 1997, foi campeão Paulista da Série A-3, conquistando pela primeira vez o acesso para a série A-2 do Campeonato Paulista. Na final, derrotou a equipe de Santa Bárbara d’Oeste na final em Santa Bárbara por 1 x 0, gol do centroavante Rogério. Neste campeonato o Mirassol revelou o zagueiro Dininho, que posteriormente faria carreira brilhante em clubes como São Caetano e Palmeiras.
Nos anos de 1998 e 1999, a categoria de base rendeu conquistas para o clube. Os juniores foram vice-campeões estaduais, perdendo as finais respectivamente para Palmeiras e São Paulo. Os profissionais, em 1998, no primeiro ano de A-2 lutaram contra o rebaixamento e terminaram em 12º lugar de 16 participantes. Nos dois anos seguintes, 1999 e 2000, o Mirassol chegou às fases finais da competição, deixando escapar o acesso nos últimos jogos.
Em 2001 e 2002 o Leão fez campanhas apenas regulares na série A-2. Em 2003, mesmo gastando muito dinheiro e apesar de um bom começo de campeonato, as muitas trocas de treinadores e de jogadores resultaram no rebaixamento do clube à Série A-3 do Campeonato
Paulista. Porém, voltou à Série A-2 no ano seguinte, depois de ser o vice-campeão da A-3 - perdeu a decisão do título para o Sertãozinho. Neste mesmo ano outra categoria do clube acabou uma competição estadual em segundo: o Sub-17 foi vice-campeão Paulista, sendo derrotado pelo Santos.No ano de 2005, o Mirassol terminou o Campeonato Paulista da Série A-2 na quinta colocação, ficando muito próximo do acesso (precisava de uma vitória na última rodada e apenas empatou com o Bandeirante de Birigui).
Em 2007, o clube terminou a Série A-2 na terceira colocação, atrás apenas de Portuguesa e Rio Preto, e pela primeira vez na sua história vai disputar a primeira divisão do campeonato paulista.
Em sua temporada de estréia na elite do futebol paulista em 2008, conseguiu o oitavo lugar. Em 2009, consegue a sétima posição entre vinte equipes com o segundo melhor ataque - superado apenas pelo líder Palmeiras. Com a posição alcançada, disputa o título simbólico de Campeão do Interior.
Estádio
Estádio Municipal José Maria de Campos Maia
Homenagem ao prefeito da época da construção do estádio
Capacidade: 17.000 Lugares
Inauguração: 03 de Março de 1983
Primeiro Jogo Realizado: Mirassol 2 x 1 Jalense
Títulos
Campeonato Paulista A-3: 1997
Vice Campeonato Paulista A-3 (2 vezes): 1985 e 2004
Campeonato Paulista A-2: 1959 (Título herdado do Grêmio Recreativo e Esportivo Cultura)
Mascote
O leão é a mascote preferida entre os dezenas de clubes filiados a FPF. Em Mirassol, o leão ganhou fama pelo seu desempenho na região da Alta Araraquarense do Estado de São Paulo.Por sua força e liderança, o Mirassol escolheu o leão para ser a mascote do clube demonstrando na imagem do animal a punjança do futebol da cidade.Site