Em 1992, é convidado a integrar a Segunda Divisão de Profissionais, não a verdadeira Segunda, que virara Intermediária da Primeira, mas o módulo logo abaixo. Na sua chave se classifica em segundo, atrás do Serrano Foot Ball Club e à frente de Pavunense Futebol Clube, Heliópolis Atlético Clube, Céres Futebol Clube, Tomazinho Futebol Clube e Esporte Clube Nova Cidade. Na segunda fase, fica em quarto lugar, atrás de Heliópolis Atlético Clube, Pavunense Futebol Clube e Serrano Foot Ball Club, ficando à frente de Tamoio Futebol Clube e Colégio Futebol Clube. Na decisão da sexta vaga, perde para o Serrano por 1 a 0 e fica eliminado da competição.
Em 1993, fica em segundo na sua chave, ao fim do primeiro turno, atrás somente do Barra Mansa Futebol Clube. No segundo turno é o líder do grupo, se classificando para o quadrangular final que reuniu União Macaé Esporte Clube, Duque de Caxias Futebol Clube e Barra Mansa Futebol Clube. O clube de Belford Roxo foi o campeão, ficando na segunda colocação o Barra Mansa Futebol Clube.
Em 1994, muda de denominação para Futebol Clube Bayer de Belford Roxo. Disputa a Divisão Intermediária, a que estava abaixo da elite. Ao término da primeira fase, termina em terceiro em sua chave, abaixo de Friburguense Atlético Clube e Saquarema Futebol Clube, e à frente de São Cristóvão de Futebol e Regatas, Olympico Futebol Clube e Serrano Foot Ball Club. Na segunda fase fica em quarto, abaixo de Friburguense Atlético Clube, São Cristóvão de Futebol e Regatas e Saquarema Futebol Clube, ficando alijado da final que foi disputada entre Entrerriense Futebol Clube e Friburguense Atlético Clube, sendo o clube de Três Rios o campeão daquele ano.
Em 1995, disputa novamente o Módulo Intermediário. Ao fim de dois turnos em fase única jogada em pontos corridos, o clube se sagra vice-campeão do certame, perdendo o título para o Barra Mansa Futebol Clube. O curioso é que havia ainda um outro grupo jogado separadamente no mesmo módulo, que teve Barra Futebol Clube e América Futebol Clube de Três Rios como seus vencedores, mas ninguém obteve acesso à Primeira Divisão do ano seguinte, com exceção do Barra, que ainda jogou uma partida de repescagem contra o Entrerriense Futebol Clube, mas a perdeu. Tal fato levou a diretoria do Bayer a resignar das disputas profissionais regidas pela FFERJ, retirando o seu time das competições.
Em 2006, houve uma tentativa de volta da agremiação à Terceira Divisão, mas que não foi concretizada. Desde então, o Bayer só disputa as competições regidas pela Liga de Nova Iguaçu. Posteriormente a antiga denominação de Bayer Esporte Clube é retornada.
Títulos
Campeão Estadual da Segunda Divisão: 1993;
Vice-campeão Estadual do Módulo Intermediário: 1995;
Estádio
Bayer Esporte Clube
Capacidade: 5.000 pessoas