O clube iniciou formalmente a sua atividade em 1897, como parte da National Football Association, apesar de ser inconveniente para em 1899 para entrar na competição oficial da Associação de Futebol do Chile, que também abandonou, em 1937, para juntar o Professional Football Association ", retornando novamente, no ano seguinte.
O primeiro jogo já foi jogado pelo Wanderers contra o Futebol Clube Nacional del Cerro Artillera e escalação do clube foi composta por; Eduardo Real (goleiro), Gilberto Hidalgo e Francisco Avaria (defensores); Real Romeo, Enrique Gonzalez, Pedro Mujica (meio-campistas ), Manuel Alvarez, Eduardo Pizarro, Arturo Acuna, Germán Sánchez e Carlos Salar (atacantes).
Mesmo quando não há registros oficiais que prova que o clube foi fundado em 1892, deve notar-se, no entanto, que o terramoto de Valparaíso de 1906, a sede depois do Wanderers, foi completamente destruídas, perdendo grande parte da documentação do clube e diversos troféus, dos quais, o único que poderia ser salvo, foi a Copa do Challenger da Associação de Futebol do Chile (1899); ainda preservada pelo clube.
Em 1937, o clube decidiu entrar para a Asociación de Fútbol Profesional (atualmente ANFP). No entanto, o clube tem uma temporada ruim perder todos os jogos da 12. Ele também recebeu 37 golos e apenas marcou 17 gols. Devido a isso, a equipe decidiu regressar à Liga de Valparaíso em 1938.
Na década de 1950 Wanderers teve alguns altos e baixos. Em 1951, foi classificado em 9 º lugar, 10 em 1952, e 9 novamente em 1953. Em 1954 melhorou, estava na terceira posição do torneio, mas em 1955 após uma má temporada 1955, o clube alcançou o técnico da Argentina, José Perez, que sob sua direção o clube estava lutando com o título em 1956, onde se classificou em segundo lugar depois de cinco pontos a menos Colo-Colo. Mas em 1958 conseguiu ser campeão da primeira divisão.
Na década de 1960 conseguiu repetir o feito e saiu campeão novamente em 1969, contra o Audax Italiano, no Estádio Nacional.
Na década de 1970 estava em uma crise institucional, em 1970, foi classificado em penúltimo lugar safing do rebaixamento para a Segunda Divisão. Em 1977 foi promovido para a Segunda Divisão, e assumiu novamente o treinador argentino foi gerido o primeiro título de Wanderers na Primera, José Pérez. Em 1978 foi a única temporada na Primera B (neste momento), mas conseguiu a promoção para a Primera División.Jersey de Santiago Wanderers em 2004.
Em 2001 foi campeão da Primera División de Chile, sob a gestão de Jorge Garcés e com outros jogadores na equipe como Jaime Riveros, Arturo Sanhueza, Moisés Villarroel, Varas Alex Joel Soto, Fernández Silvio dos Santos, entre outros que levam a equipe a participar da Copa Libertadores de 2002. Preview da temporada, a directiva não decidiu renovar o contrato com Jorge Garcés e terminou seu contrato. Na Copa Libertadores terminou na terceira posição com 9 pontos, depois de Boca Juniors, com 13 pontos e Montevideo Wanderers, com 10 pontos, ficando em primeiro turno. Em detalhes Wanderers venceu por 2 vezes, uma perda de tempo e empatou três vezes, entre si, foi vencido e empatou contra o Boca Juniors por 1-0 e 0-0.
Antes da participação internacional, no início de 2003 assumiu como treinador Matt Yuri Fernández do Club Deportivo Universidad de Concepción. Durante o primeiro semestre do ano a equipe fez uma temporada irregular ter que usar playoff por uma vaga nos playoffs, sendo finalmente eliminado pelo Cobreloa. Já no Torneio de Clausura, Wanderers fez uma temporada regular, ficou em quarto lugar na fase regular e depois de vencido como melhor qualificado contra Universidad Católica e eliminar a Palestino chegou às meias-finais, sendo eliminado novamente pelo Cobreloa.
As aparições continuaram boas durante o Torneo Apertura de 2004, ficou em segundo lugar na fase regular apenas um ponto após o Cobreloa. Nos playoffs chegou às meias-finais, sendo derrotado pelo Universidad de Chile, depois de ter eliminado, Rangers e União Espanhola. Destaque neste torneio da temporada de Jaime Riveros quem conseguir quebrar o recorde de gols na semana cosecutive do futebol chileno, após totalizar 21 golos em 15 matchs ea derrota por 4-0 contra o Everton quebrou uma seqüência de 29 anos sem ganhar no primeiro divisão contra o arqui-rival.
Na metade de 2004, após a eliminação na fase de grupos contra União San Felipe, Colo-Colo e Cobresal voltou a classificar a Copa Sul-Americana, onde foram eliminados na primeira ronda pela Universidad de Concepción. No Clausura não conseguiu revalidar o Torneo Apertura temporada, terminando em último na fase regular, resultando na interrupção do Yuri Fernandez pela directiva causando grande inquietação entre os fãs.
Em 2007, o time rebaixado para a Segunda Divisão, mas em 2009, Wanderers promovido à Primeira Divisão de 2010.