O clube mineiro surgiu do cruzamento do antigo Itapuã, rebaixado em 1998, com remanescentes do extinto Unaí, que disputava o Campeonato Mineiro até 1996. A fusão foi oficializada apenas em dezembro, em processo doloroso para muitos diretores mais antigos dos times rivais.Em 2002, para disputar a segunda divisão do Distrito Federal, o Unaí Futebol Clube utilizou a inscrição do Sociedade Esportiva Itapuã. "O Itapuã tinha uma equipe amadora, com poucas condições financeiras e não pretendia participar do campeonato", disse Oliveira. O Unaí Futebol Clube disputou a segunda divisão do Campeonato Mineiro pela última vez em 1996, competição da qual tinha sido campeão em 92. O clube continuava filiado à Federação Mineira de Futebol (FMF), mas, segundo a assessoria de imprensa da entidade, não estava mais em atividade há pelo menos três anos.
No final de 2002, a fusão entre o Unaí FC e o Itapuã foi oficializada. Nasceu então o Unaí Itapuã.A curiosidade é que a cidade situa-se no território mineiro, e a equipe disputa o Campeonato Brasiliense. A justificativa é só uma: a distância. Unaí fica cerca de 600 km de Belo Horizonte, a capital mineira, e 135 km de Brasília, a capital federal. Por esse motivo a diretoria do clube entrou em um acordo com a Federação Brasiliense e a Federação Mineira para jogar o Campeonato Candango (como é conhecido o Campeonato Brasiliense).
Estádio
A equipe manda seus jogos no estádio Urbano Adjunto, com capacidade para cerca de 4.000 pessoas.
Títulos
Campeão da Segunda Divisão 1997, ainda como Itapuã