O futebol foi o motivo da fundação do Sport Club Germania em 7 de setembro de 1899, quando o jovem alemão Hans Nobiling reuniu seus companheiros para criar uma agremiação que servisse à colônia alemã, inspirada no clube Germania de Hamburgo. Além de Hans Nobiling participaram da fundação do clube, os irmãos Wahnschaffe, A. Ravache, 0. Behmer, Guilherme Kawall, Jorge Riether, Witte, Ernst Deininger e outros. Antes da aquisição do terreno atual, os treinos passaram por campos alugados no Bom Retiro, Mooca e no Parque Antártica. Dois anos mais tarde, esse clube viria a ser um dos criadores da Liga Paulista de Futebol. Já em 1903, o Germania, o Internacional, o São Paulo Athletic, o Mackenzie College e o Clube Athlético Paulistano formavam os cinco grandes do futebol paulista. Nesse mesmo ano, quando os treinos na Chácara Dulley já haviam sido transferidos para a Chácara Witte - ambas no Bom Retiro, berço do futebol paulista - o Germania surgiu com a primeira surpresa do campeonato e...
Foi fundado no dia 25 de novembro de 2005. Marca o retorno da cidade ao futebol , depois da S.E. Naviraiense. Volta a primeira divisão após cinco anos em 2008. Em 2009, sagra-se campeão estadual pela primeira vez, derrotando seu vizinho e maior rival, o Ivinhema.