O Penedense foi fundado no dia 3 de janeiro de 1909. Durante muitos anos disputou os campeonatos promovidos pela Liga Penedense de Futebol como um dos mais famosos clubes do interior de Alagoas. Na época do amadorismo, o alvirrubro do Baixo São Francisco possuía em seu plantel os grandes craques do futebol alagoano. Somente em 1962 é que veio participar do campeonato da Primeira Divisão alagoana, promovido pela FAD. Sua melhor campanha foi o vice-campeonato que aconteceu em 1966, quando decidiu o título com o CSA.
No dia 7 de março de 1971 foi realizado o Torneio Inicio, uma competição curta de jogos com 20 minutos de duração, dentro de um mesmo dia. O torneio foi organizado pela Federação Alagoana de Futebol e foi disputado no Estádio Rei Pelé. Participaram da competição, além do Penedense, São Domingos, ASA, CSA, CSE, Ferroviário, CRB e Guarany. Comandado por Marcos Lobo, o Penedense decidiu o título com o CSE e, após empatar sem gols e vencer por 3x0 nos pênaltis, foi o grande campeão.
Durante muitos anos, o Penedense ficou de fora dos campeonatos da divisão especial. Crises internas não permitiram que o clube continuasse com seu departamento de futebol. No ano de 2000, o clube se preparou para voltar à elite do futebol alagoano, através do campeonato da Segunda Divisão. Foi o campeão com méritos e ganhou o direito de ficar entre os grandes. Em 2001, realizou um excelente trabalho e ficou na 3ª colocação. Porém, o clube não repetiu a boa campanha no ano seguinte e acabou sendo rebaixado.
Em 2004, o Penedense retorna à divisão principal do futebol alagoano, ao vencer a Dimensão Saúde na decisão do Campeonato Alagoano da Segunda Divisão.
Terceiro Colocado no Alagoano de 2005. Sexto Colocado no Alagoano de 2006 . Sexto Colocado no Alagoano de 2007 . Em 2008, o Penedense foi punido pelo STJD e excluído do campeonato, porque recorreu à Justiça Comum depois de ter o seu estádio interditado pelo CREA-AL. Todos os seus jogos, 1º e 2º turnos, foram cancelados, acabando sendo rebaixado.
Estádio
Dr. Alfredo Lahy, localizado na Praça Clementino do Monte nº 151 - Centro, possui capacidade para 5.500 espectadores.
O estádio foi inaugurado em 03/01/1909.
Títulos
Campeonatos Alagoanos da Segunda Divisão (2000 e 2004)
Campeão do Torneio Inicio (1971).
Hino
Letra: Alberto Gomes
ao combate, que é belo vencer!
Pois quem é, como nós bravo e forte,
a derrota não deve temer
Penedense guião da vitória,
que na luta não temos rival,
o teu lema é lutar pela glória,
que nais belo, mais nobre ideal?
Salve corte aguerrida,
afirmação do valor!
A glória trazes contida
no teu pendão bicolor.
Alvirrubro pendão alteneiro,
em valor só te pode passar,
o alviverde pendão brasileiro,
que no mundo tremula sem par
Penedense palavra que luz,
qual sentinela incentiva em nossa alma
na peleja que a glória conduz,
Penedense, terás sempre a palma.
Mascote
JacaréSite
http://www.penedense.com.br/#