A história do Boa Viagem Esporte Clube tem início na década de 1980. Naquela época a seleção do município foi inscrita em uma competição Intermunicipal realizada pela Associação Profissional dos Cronistas Desportistas do Estado do Ceará. Em 1983 o clube, que ainda não era profissional, chegou à final da competição, todavia não conseguiu conquistá-la, foi derrotado na final pela equipe de Itapipoca pelo placar de 1X0. Quatorze anos depois, em 1997, o sonhado titulo tornou-se realidade, o Boa Viagem venceu a equipe de Maranguape na final da competição e tornou a repetir a façanha em 1998, quando conseguiu derrotar na final o selecionado de Aracati. Com a conquista do Torneio Intermunicipal o Boa Viagem Esporte Clube garantiu o direito de disputar a Segunda Divisão do Campeonato Cearense de 2000. Diante disso, a sociedade do Município de Boa Viagem se organizou em torno do clube e, com apoio da prefeitura municipal, foi fundado o Boa Viagem Esporte Clube em 22 de Dezembro de 1999 .
Em 2000, disputando pela primeira vez uma competição profissional, o Boa Viagem consegue o acesso a 1ª Divisão do Campeonato Cearense de Futebol. Nesta oportunidade, sua estréia foi contra a equipe do Esporte Clube Limoeiro, no dia 19 de março de 2000, naquele dia, diante de sua torcida, o Boa Viagem derrotou a equipe rival pelo placar de 3X0.
Estádio : Sergismundo Rodrigues Neto (Serjão) - Capacidade 8000
Títulos: Vice-campeão Cearense da Segunda Divisão 2000 e 2007
Apelido: Galo do Sertão
