A equipe foi fundada em 2007 e seu proprietário maioritário é o produtor de Hollywood Joe Roth. Como proprietários minoritários estão o co-fundador da Microsoft e proprietário da equipe de futebol americano Seattle Seahawks e da equipe de basquetebol Portland Trail Blazers, Paul Allen; o comediante Drew Carey e ainda Adrian Hanauer.
A franquia pagou uma taxa de expansão à MLS no valor de 30 milhões de dólares. Como diretor de futebol foi escolhido um ex-jogador da MLS, Chris Henderson. Em 28 de outubro de 2008, anunciou oficialmente a contratação do craque sueco Fredrik Ljungberg
Em seu primeiro ano, chegou à final da US Open Cup e conquistou seu primeiro título vencendo o campeão do ano anterior, o DC United. Em 2010, tornou-se bicampeão da competição ao derrotar o Columbus Crew por 2x1 com dois golos de Sanna Nyasi, herói da partida. Em 2011, tornou-se a primeira equipe da MLS a conquistar a US Open Cup por três anos seguidos ao derrotar o Chicago Fire na final por 2x0 com gols de Fredy Montero e Osvaldo Alonso. Foi vice-campeão da MLS Supporters' Shield e da MLS Reserve Division nesse mesmo ano. Na Liga dos Campeões da CONCACAF, temporada 2011-2012, chegou aos quartos-de-final.
Em Março de 2013 o clube contratou o avançado nigeriano Obafemi Martins por cerca de US$ 4 milhões ao Levante.
No dia 3 de Agosto de 2013 o clube anunciou a contratação de Clint Dempsey, pagando cerca de US$ 9 milhões ao Tottenham Hotspur. O jogador assinou contrato como Jogador Designado, tornando-se um dos jogadores mais bem pagos da liga, recebendo cerca de 5 milhões de dólares por ano . No primeiro jogo de Clint Dempsey no CenturyLink Field ao serviço do clube os adeptos esgotaram a lotação do estádio, estando presentes 67.385 espectadores. Nesse jogo os Sounders acabaram por vencer o Portland Timbers por 1x0.
Em 16 de setembro de 2014, o Seattle Souders venceu a US Open Cup pela quarta vez e, tornou-se, ao lado do Chicago Fire, a equipe da MLS que mais vezes venceu essa competição. Na final, bateu o Philadelphia Union.
Em 25 de outubro de 2014, o Seattle Sounders venceu pela primeira vez a MLS Supporters' Shield, derrotando o Los Angeles Galaxy. Depois de terem empatado o primeiro jogo (dia 19 de outubro) em 2x2, venceram em casa por 2x0 vencendo a fase regular, ficando os Galaxy em segundo. No entanto, não conseguiram ser campeões, perdendo na Final da Conferência Oeste (Playoffs) precisamente contra o Los Angeles Galaxy, que viriam a sagrar-se campeões.
Estádio
O Seattle Sounders FC joga as suas partidas na condição de visitado no CenturyLink Field, recinto que é partilhado com o clube de futebol americano Seattle Seahawks. O estádio foi aberto em 2002, tem capacidade para 67.000 pessoas (72.000 em eventos especiais) e teve um custo de US$ 360 milhões. Nas partidas de futebol a capacidade do estádio é reduzida para cerca de 38.000 lugares, podendo ser aumentada caso se justifique. Este estádio tem grama sintética, sendo dos poucos na MLS com esta característica.
Logo no primeiro ano em que disputou a Major League Soccer o clube atingiu uma assistência média de cerca de 31.000 espectadores (a maior de sempre na liga na altura). O número médio de pessoas que assistem às partidas no CenturyLink Field tem vindo a aumentar a cada ano que passa, atingindo o máximo na época de 2012 com cerca de 43.000 torcedores em média por jogo. Estes números fazem do Seattle Sounders o clube com maior assistência média em toda a MLS.