A ideia da criação do clube surgiu quando, em 2003, o empresário Marcelo Martins Vieira começou a participar dos bastidores do Social Futebol Clube e foi aprendendo sobre a política interna de um clube. Em 2007 conheceu Amarildo Ribeiro, que participava da diretoria do Ipatinga Futebol Clube. Em 2008 participaram juntos da campanha do Social no campeonato mineiro, antes de criar seu próprio time.
Sua estreia como equipe profissional se deu no Campeonato Mineiro da Segunda Divisão de 2009, contra o Fabril de Lavras, jogando no Estádio Louis Ensch, em Coronel Fabriciano. Venceu por 2 a 0. Atendendo seus objetivos iniciais, o clube manteve participação majoritária em passe de jogadores emprestados a vários times do Brasil, entre eles o Ceará e o Bahia.
O clube transferiu sua sede para Nova Serrana em março de 2010 e alterou seu nome para Nacional Esporte Clube, além de adotar um novo escudo. Sagrou-se campeão do Campeonato Mineiro da Segunda Divisão (na prática a Terceirona) em 2010.
No dia 1° de maio de 2011, o Nacional conseguiu o seu principal triunfo até então. Disputando pela primeira vez o Campeonato Mineiro Módulo II (Esse sim, a Segundona), o time de Nova Serrana foi vice-campeão, conquistando, juntamente com o campeão Boa Esporte, o direito de disputar à Elite do Futebol Mineiro, em 2012.
Em seu primeiro ano na elite do futebol mineiro e com a parceria realizada com o Cruzeiro, o Nacionalconseguiu se manter no módulo I e terminou a competição em 5° lugar, um ponto atrás do Tupi, que se classificou para a semifinal.
Após a vitória sobre o Villa Nova por 2 a 0 em Nova Lima, pela última rodada, o time do centro-oeste mineiro garantiu sua participação no Campeonato Brasileiro da Série D de 2012. Esta foi a primeira participação do time em um campeonato nacional. ]O clube foi eliminado nas oitavas de final da competição.
Em 2012 a prefeitura de Nova Serrana ergueu a Arena do Calçado para abrigar as partidas do clube, se adequando à sua ascensão. Entretanto, com a eleição de um novo prefeito naquele mesmo ano, o presidente do Nacional declarou que o clube iria, novamente, se mudar para outra cidade. Desta vez para Patos de Minas.
Em agosto de 2013, o clube anunciou mais uma mudança de sede. Em novembro a equipe fechou um acordo com o Nacional Atlético Clube de Muriaé, que estava fora de atividade desde 2005. O Nacional passaria a jogar na cidade da Zona da Mata, e adotando as cores vermelha, branca e preta.
Em Dezembro de 2014, o clube anunciou sua mudança para cidade de Esmeraldas. A sede do clube será na cidade mas irá mandar seus jogos na Arena do Jacaré, em Sete Lagoas. O Nacional desistiu de participar doMódulo II de 2015 por problemas financeiros. A FMF rebaixou a equipe automaticamente para oCampeonato Mineiro da Terceira Divisão de 2016.