Em 9 de março de 2006, o clube foi comprado pela companhia multinacional austríaca de bebidas energéticas Red Bull e mudou seu nome para New York Red Bulls. Foi vice-campeão da MLS Cup em 2008. Em 2009, o New York Red Bulls fez uma campanha muito ruim. Tanto, que venceu apenas 5 dos 30 jogos disputados. Terminou na última colocação geral e ficou a 9 pontos do penúltimo colocado, o San José Earthquakes. Ainda participou da Liga dos Campeões da CONCACAF 2009-10, mas não passou da fase preliminar. No dia 27 de março de 2010, o New York Red Bulls venceu o Chicago Fire na estreia da MLS deste ano por 1x0. Este também foi o primeiro jogo do clube pela liga utilizando o seu novo estádio, a Red Bull Arena. No dia 14 de julho de 2010, foi oficializada a contratação do craque francês Thierry Henry,seguindo a Lei de Beckham. Henry estreou pelo New York no dia 22 de julho de 2010, num amistoso contra o Tottenham e fez um gol logo na estreia, mas o New York perdeu o jogo por 2x1. Em 2 de agosto, os Red Bulls contrataram mais um jogador seguindo a Lei de Beckham , o mexicano Rafael Márquez. Com a contratação de Márquez, os Red Bulls se tornaram a primeira equipe da MLS a ter três jogadores seguindo a Lei de Beckham. Nesse mesmo ano ficou em 3º lugar na MLS Supporters' Shield. Em 26 de outubro de 2013, conquistou seu primeiro título da MLS: MLS Supporters' Shield
EstádioTeve seu estádio próprio inaugurado no dia 20 de março de 2010 e se chama Red Bull Arena. Para comemorar a inauguração, o New York Red Bulls marcou um amistoso contra o Santos nesse mesmo dia. O jogo terminou em 3x1 para o New York Red Bulls.