Em 2006, foi vice-campeão da Série A2 do Campeonato Sergipano.
Em 2007, estreia na elite do futebol sergipano, terminando na 8ª colocação, uma acima da zona de rebaixamento. O São Cristovão, foi o time revelação do Campeonato Sergipano de 2008, terminando a competição em 3º lugar, atrás somente dos grandes da capital, Confiança e Sergipe, conquistando assim, uma vaga para a Copa Governo do Estado de Sergipe.
Porém em 2009, a excelente campanha não se repetiu e o São Cristóvão terminou a competiçãorebaixado, na 9ª e penúltima posição. Não disputou a Séria A2 de 2010 e depois disso, nunca mais disputou o campeonato estadual.
Seu uniforme era composto de camisa com listras verticais vermelhas, cinzas e brancas, calção branco e meias vermelhas.
Mandava seus jogos no Estádio Municipal Isaias Gileno Barreto (Campo do limão), em São Cristóvão, com capacidade para 3.000 pessoas.