Em seu primeiro ano de atividades profissionais no meio futebolístico, o PFC, conseguiu a conquista da segunda divisão paraense, ao vencer o também estreante Santa Cruz de Cuiarana nos pênaltis por 4 a 3, ao perder a primeira partida em casa por 2 a 1, e vencer em Cuiarana também por 2 a 1.
O clube foi fundado em 6 de março de 2012,segundo o presidente do clube, Jorge Coqueiro, pois ele não queria que o recém-inaugurado estádio da cidade, Arena do Município Verde, que havia sido inaugurado em janeiro, ficasse "abandonado" devido a falta de um clube na região para representá-lo.
No mesmo ano em que foi fundado, a equipe ganhou campeonato paraense da segunda divisão e chance de disputar a primeira divisão do Campeonato Paraense.
Em 2013, na sua primeira participação na fase principal do Campeonato Paraense, o Paragominas conseguiu se classificar em quarto lugar no primeiro turno do torneio, ganhando o direito de disputar as semi-finais deste turno. Contra um Remo embalado pela ótima campanha na fase classificatória, o Paragominas foi eliminado depois de um empate em 2x2 no primeiro jogo na Arena Verde e de uma derrota por 2x0 no Mangueirão.
Já no segundo turno da competição, a equipe que contara com menos de um ano de vida, surpreendeu a todos a fazer uma excelente campanha na fase classificatória. Desbancando os favoritos da capital, o Paragominas conseguiu se classificar em primeiro e ganhou, além do direito de jogar as semi-finais, a vantagem de decidir em casa e de jogar por dois resultados iguais contra os seus adversários nesta fase final.
Depois de uma heróica classificação para a final contra a Tuna, depois de um 0x0 em Belém e um 2x1 em Paragominas, o Jacaré conseguia fazer história ao alcançar, em apenas um ano de vida, uma inédita classificação para a Copa do Brasil de 2014.
Mas a torcida de Paragominas queria mais, e assim, teve pela frente na grande final do segundo turno, novamente, o respeitável time do Remo. Jogando com a vantagem de dois resultados iguais, o Paragominas sucumbiu no primeiro jogo em Belém por 1x0, resultado que ainda mantinha as esperanças dos torcedores do município verde pela conquista da taça.
Assim, no dia 05/05/2013, o Jacaré do Norte conseguiu em um jogo memorável, a vitória por 3x1 e a histórica classificação do time não apenas à final do Campeonato Paraense, mas também à Série D do Campeonato Brasileiro, desbancando assim o tradicional time do Remo, e realizando um feito que dificilmente será repetido por algum outro time com tão pouco tempo de vida.
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