O comissionário da MLS, Don Garber disse publicamente que a intenção da liga era ter mais um time na área de Nova Iorque em 2010, e que fizesse a sua estreia na liga em 2013.Inicialmente, a segunda intenção seria a volta do New York Cosmos, mas os donos do Cosmos se retiraram das negociações com a intenção de entrar em um nível mais baixo da MLS, o que posteriormente aconteceu.
Em março de 2014, a equipe revelou seu escudo. O brasão é inspirado nas antigas placas do Metropolitano de Nova Iorque, com as cores da bandeira da cidade - laranja, azul e branco - e pentágonos representando os cinco bairros de Nova York.
Com a intenção de formar um time com grandes nomes do futebol mundial, o New York City teve como sua primeira grande contratação o atacante espanhol David Villa, vindo do Atlético de madrid. Após a contratação do espanhol, o New York City anunciou no dia 24 de julho de 2014, a contratação do experiente meia inglês Frank Lampard, de 36 anos, que deixou o Chelsea depois de 13 temporadas pelo clube inglês. Além dos dois jogadores, o time de Nova York trouxe também o defensor Jeb Brovsky, o meia Andrew Jacobson, o goleiro Josh Saunders e os meias Mikkel Diskerud e Andrea Pirlo.
Em 8 de março de 2015, o New York City fez sua primeira partida oficial, no jogo inaugural da temporada 2015 da MLS, num jogo contra o Orlando City, time que também fez sua estreia na liga americana. O time de New York empatou a partida por 1-1, o gol saiu após escanteio de David Villa e, o camisa 10 do time nova-iorquino, Mix, marcou o gol, sendo o primeiro gol oficial da história do clube.