O San José Earthquakes foi fundado em 15 de junho de 1994 na cidade de San José, na Califórnia, com o nome de "San José Clash". Em 1999, mudou o nome para o atual e foi com esse mesmo nome que conquistou a MLS Cup em 2001 e 2003 e a MLS Supporters' Shield, em 2005.
No final de 2005, o Earthquakes se muda de San Jose para a cidade de Houston, no estado do Texas, e muda também de nome, passando a se chamar Houston Dynamo. As mudanças de cidade e nome trazem sorte ao time pois, logo em sua primeira participação na MLS Cup, em 2006, o Dynamo conquista o título após uma dramática decisão por penaltis contra o New England Revolution.
Em 18 de julho de 2007, foi anunciado oficialmente que o Earthquakes irá retornar à MLS na temporada de 2008 . O técnico da equipe é, desde 5 de Novembro de 2007, o ex-jogador canadense Frank Yallop, que já havia dirigido a equipe com sucesso em 2001 e 2003 quando conquistou nesses anos a MLS Cup . Sua volta oficial se deu em 3 de abril de 2008, quando perdeu para o Los Angeles Galaxy, de David Beckham, por 2x0 . Na temporada de retorno ficou em penúltimo lugar,Na temporada 2010/11 o San josé fez grandes investimentos no futebol brasileiro trazendo jogadores da base de times paulistas,como o jovem atacante Ualisson Villa e o zagueiro Ricardo Mello ambos da base da Portuguesa.