O Houston Dynamo tem uma história curiosa: é, ao mesmo tempo, um dos mais antigos e um dos mais novos times da MLS.
O Houston Dynamo foi fundado em 1995 na cidade de San José, Califórnia, com o nome de San José Clash. Em 1999, mudou o nome para San José Earthquakes e foi com esse nome que conquistou a MLS Cup em 2001 e 2003 e a MLS Supporters' Shield em 2005.
No final de 2005, o San José Earthquakes se muda de San José para a cidade de Houston, no estado do Texas e muda também de nome passando a se chamar Houston Dynamo. O nome 'Dynamo' refere-se a economia de Houston baseada em energia industrial, bem como um time de futebol anterior 'Houston Dynamos' que jogou no Lone Star Alliance Futebol e Futebol United League. A razão oficial para o nome e que "Dynamo e uma palavra para descrever alguem que nunca cansa desiste. O nome e simbolico de Houston como un energetico, trabalhador tipo de cidade." uniforme de cor laranja, branco e Space City Blue concebido como um símbolo da cidade de Houston bandeira que e a luz azul e ainda de outro equipe na história de Houston esportes- o Houston Oilers da NFL. As mudanças de cidade, nome, uniforme e cor trazem sorte ao time pois, logo em sua primeira participação na MLS Cup, em 2006, o Dynamo conquista o título após uma dramática decisão por penaltis contra o New England Revolution. O Houston Dynamo entrou como um dos favoritos para a disputa da MLS Cup de 2007 e confirmou esse favoritismo conquistando o bicampeonato contra o mesmo adversário. Em 2008, chegou à final do primeiro Campeonato Pan-Pacífico e obteve o vice-campeonato. Os títulos mais as boas performances em outras competições fazem com que o Houston Dynamo seja uma das mais competitivas equipes da MLS na atualidade. A campanha realizada em 2007 também lhe deu o direito de participar da primeira Liga dos Campeões da CONCACAF, a ser realizada na temporada 2008-2009 e, pela segunda vez seguida,em da Superliga 2008 tendo chegado, pela primeira vez, à final dessa competição desclassificando o campeão do ano anterior, o Pachuca. Ficou com o vice-campeonato. Foi também vice-campeão da MLS Supporters' Shield 2008 o que habilitou a equipe a disputar pela terceira vez seguida a Superliga em 2009. Em 2008, venceu pela primeira vez a MLS Reserve Division.
