O Tocantins foi fundado em 10 de outubro de 1999, com o nome de Clube Atlético Tocantinense. Na ocasião, suas cores erampreto e branco.
Em 2002, participou pela primeira vez do Campeonato Tocantinense, terminando na última colocação entre os dez participantes. Em 2006, alterou o nome para o atual Tocantins Futebol Clube, bem como as cores, que passaram a ser azul e branco. Dentro de campo, a troca de nome não surtiu efeito e o clube novamente terminaria na lanterna do estadual.
Após várias participações sem sequer obter a classificação para a segunda fase, o Tocantins sagrou-se campeão estadual em2008. O clube fez uma campanha razoável na primeira fase, obtendo a quarta colocação do Grupo B. Na segunda fase, foi o segundo colocado de seu grupo. Nas semifinais, derrotou o Juventude de Dianópolis duas vezes (1x0 e 2x1). Na decisão, surpreendeu o Gurupi, derrotando-o por 1x0 em pleno Estádio Resendão, na cidade de Gurupi. No confronto final de 27 de junho, no Estádio Nilton Santos, em Palmas, um empate sem gols bastou para que o Tocantins ficasse com o título, perante um público de quase cinco mil torcedores.
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| Clube Atlético Tocantinense |
Com a conquista, o Tocantins garantiu o direito de participar da Copa do Brasil e do Campeonato Brasileiro de Série D do ano seguinte. Entretanto, a temporada de 2009 foi ruim para o clube. Eliminado da Copa do Brasil na primeira fase pelo Atlético Paranaense logo na primeira partida, com uma derrota por 3 a 0 no Estádio Nilton Santos, o Tocantins também foi eliminado na primeira fase da Série D. No grupo 2, do qual também faziam parte São Raimundo do Pará, Cristal e Moto Club, o Tocantins foi o lanterna. Além disso, o clube foi assolado por grave crise financeira, que acarretou em atraso de salários de jogadores e funcionários e o não-pagamento de taxas de arbitragens. A má fase culminou com o rebaixamento no Campeonato Tocantinense, com a goleada sofrida em casa para o Tubarão por 4 a 0, na 15ª rodada da competição e três rodadas antes do encerramento da primeira fase. Licenciado em 2010, voltou as competições em 2011
Títulos Campeonato Tocantinense: 2008
Estádio : O Estádio Nilton Santos é um estádio de futebol localizado na cidade de Palmas, capital do estado de Tocantins, foi inaugurado no dia 12 de outubro de 2000, tem capacidade para 12.000 torcedores. O estádio sedia jogos de todas as equipes da capital tocantinense. Recebeu o nome do bicampeão mundial Nilton Santos, que na época desenvolvia um projeto social com jovens através do futebol.
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