A equipe foi fundada por imigrantes, especialmente nortistas, nordestinos e mineiros, que viam no clube a única possibilidade de lazer em Diadema. Aos poucos o clube foi subindo no futebol amador regional, principalmente a partir de 2000. Com as conquistas, a torcida foi crescendo, e hoje estima-se que gire em torno de 10 000 pessoas.
O Esporte Clube Água Santa já teve vestindo sua camisa verdadeiros ícones do futebol brasileiro como Claudecir, Zinho Capixaba, Capitão, Dinei e mais importante ainda, já formou, mesmo não tendo a classificação de Clube formador vários atletas em suas fileiras de base como Lelê hoje no Fortaleza, Romarinho no F.C. Porto, Fernando no Internacional de Porto Alegre, Neilton no Santos e Fábio Ferreira no Botafogo.
Em sua primeira participação em um campeonato profissional, O Campeonato Paulista da Segunda Divisão de 2013, alcança o seu objetivo que é o acesso. na 1ª fase termina como líder do grupo 8 caindo no grupo 13 também em primeiro lugar do grupo na 2ª fase, na 3ª fase não é diferente mais uma vez líder dessa vez no grupo 16. Na 4° fase o Água Santa lidera conquistando o acesso e uma vaga na final contra a Matonense vencendo primeiro jogo por 5 á 2 Mas, perdendo o segundo duelo por 4 á 0 fica com o vice campeonato.
Em 2014 o Água Santa disputa a serie A3 e conquista o acesso para serie A2 após a vitória contra o São José `B´ de 1 a 0, em São José dos Campos.
Mascote
Por ter o Água Santa nascido ao lado da represa Billings e ter a força e determinação digna dos filhos de Netuno, a torcida do E.C. Água Santa escolheu este Deus de força e inteligência como seu simbolo e mascote. Mostrando sempre o perfil vitorioso de nossa agremiação.
Site http://www.aguasanta.esp.br/index2.html