A equipe foi fundada em 4 de agosto de 2005 sob o nome de Associação Desportiva Manthiqueira, mas resolveu firmar sede na cidade de Guaratinguetá no final de 2010, após a cidade ficar órfã devido a mudança do Guaratinguetá Futebol Ltda. para o município de Americana. Seu contrato social possui uma cláusula que impede a mudança de município, como forma de ganhar a confiança da torcida, que passou a ter descrédito com clubes-empresa depois da transferência do Guaratinguetá.
O mascote da Manthiqueira é um cavalo, em virtude da história da cidade de Guaratinguetá, marcada pelos tropeiros e cavaleiros que cruzavam o Vale do Paraíba Paulista.
Suas cores são o laranja e preto, uma homenagem que o presidente do clube Geraldo Margelo Oliveira resolveu dar a Seleção Holandesa de 1974, conhecida como Carrossel Holandês, a quem apreciava o futebol apresentado.
Depois do anúncio da profissionalização da equipe, foi divulgado que a presença do "th" no nome seria uma homenagem do presidente da equipe, Dado Oliveira, ao time para o qual torce, o Corinthians. Entretanto, através do perfil oficial do clube nbo twitter, tal fato foi desmentido.
Atualmente, o clube se prepara para disputar a Segunda Divisão do Campeonato Paulista, e está sendo treinado por Nilmara Alves, uma das primeiras mulheres a treinar uma equipe masculina de futebol profissional no Brasil.
Estádio O
Inaugurado em 7 de Setembro de 1965 com a partida entre Associação Esportiva Guaratinguetá e Esporte Clube Taubaté, com resultado final de 0x0.
Suas dimensões são de 104 x 66m. Tem capacidade para 16.095, e tem como equipes mandantes o Guaratinguetá Futebol Ltda. (que disuputa o Paulistão Série A2 e o Brasileirão Série B) e a Academia Desportiva Manthiqueira (que disputa o Paulistão Série B).
Apelidos Carrosel do Vale, Carrossel de RINUS, Facção Laranja