O Clube Atlético Pirassununguense foi fundado no dia 7 de setembro de 1907 e é considerada a terceira agremiação mais antiga do Estado, atrás da Ponte Preta (de 1900) e da Internacional de Bebedouro (de 1906). Seu primeiro jogo oficial foi disputado no ano seguinte, contra o Paulista, de São Carlos, no dia 23 de fevereiro, quando obteve sua primeira vitória, por 2 a 1.
Entretanto, a estréia em competições oficiais foi apenas na década seguinte, em 1918, no Campeonato Paulista do Interior, competição que disputou por mais oito vezes. Quando foi criada a Lei do Acesso, em 1949, o clube foi um dos primeiros a se inscrever e representar a cidade de Pirassununga no futebol profissional de São Paulo.
Disputou no ano seguinte, 1950, o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, onde permaneceu até 1953, quando, por causa de uma determinação da Federação Paulista de Futebol, não pôde continuar disputando a competição. Na época, a Federação exigia que um município deveria ter mais de 50 mil habitantes para estar em alguma divisão do futebol profissional.
Só em 1966, o Pirassununguense começou a participar de competições profissionais, no Campeonato Paulista da Terceira Divisão. A partir do ano seguinte esteve, até 1972, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, atual Série A3.
Em 1973, disputou o Campeonato Paulista da Primeira Divisão (atual Série A2), mas foi rebaixado em 1976 para a Segunda Divisão. O clube manda suas partidas no estádio Bellarmino Del Nero e, no ano de 1978, recebeu seu maior público. Em uma partida amistosa contra o Palmeiras, venceu por 3 a 2, com a presença de aproximadamente 8 mil pessoas.
A partir de 1980, a nomenclatura Primeira Divisão foi mudada para Terceira Divisão e o Pirassununguense disputou a competição até 1983, quando após um período longe dos gramados, voltou três anos depois, em 1996, para mais uma vez participar da Terceira Divisão.
Em 1987, com mais uma alteração no nome das divisões, o clube passou a disputar a Segunda Divisão. Neste mesmo ano, o clube aplicou sua maior goleada em um adversário: 14 a 0 sobre o Piraju, no dia 22 de novembro.
Após mais um curto período fora das competições profissionais da FPF, o Pirassununguense voltou à Segunda Divisão em 1991 e 1992, quando se licenciou novamente das competições profissionais para retornar somente em 2001, na Série B3. Como houve nova alteração no nome dos campeonatos, a partir de 2005 passou a integrar o Campeonato Paulista da Segunda Divisão.
Estádio : com capacidade para 5.300 pessoas, o estádio Belarmino Del Nero, também conhecido como BDN ou Bellarminão, foi inaugurado em 7 de fevereiro de 1931 e sua primeira partida foi entre o Clube Atlético Pirassununguense e o Juventus, vencida por 2 a 0 pelos donos da casa.
Originalmente, o estádio Bellarmino Del Nero tinha capacidade para 8.000 pessoas.