Estreante em campeonatos de nível profissional, o São Gonçalo Futebol Clube filiou-se aos quadros da FFERJ, em 2011, para a disputa do Campeonato Estadual da Série C, a terceira divisão, do Rio de Janeiro.
O clube é presidido por Eduardo Alves de Castro. Seu primeiro treinador é Felipe Conceição. As cores de seu pavilhão são azul e branca.
Sua estreia oficial, como time profissional, ocorreu a 11 de março de 2012, com derrota por 3 a 1 frente ao Tanguá Esporte e Cultura, em jogo realizado no estádio Carlos Gonçalves, em Rio Bonito, válido pela primeira rodada do certame. Manda seus jogos no estádio do Cordeiro Futebol Clube, em Santa Izabel.
Na primeira fase, inserido no Grupo "C", a equipe se classifica em terceiro lugar, atrás somente de São Gonçalo Esporte Clube e Tanguá Esporte e Cultura. O Bela Vista Futebol Clube foi o quarto colocado e o Centro Esportivo Arraial do Cabo foi o único eliminado. Na segunda fase o time, inserido no Grupo "E", ficou na última posição e acabou eliminado da competição. Os classificados foram São Gonçalo Esporte Clube e Queimados Futebol Clube. O Clube de Futebol São José também foi eliminado.