O Amapá foi fundado no dia 23 de fevereiro de 1944, em reunião ocorrida em residência situada em frente ao primeiro prédio da Prefeitura Municipal de Macapá, hoje servindo à Secretaria Especial de Defesa Social. É o mais antigo clube de futebol do Amapá. Foram fundadores do Amapá: Eloy Nunes Monteiro, Francisco Serrano, Pauxy Gentil Nunes, Newton Cardoso, Jose Serafim Coelho, João Vieira de Assis, Glicério de Souza Marques, Raimundo Nonato Araújo Filho, Raimundo de Campos Monteiro e Zoilo Pereira Córdoba. O governador do Estado na época, Janary Gentil, participou da reunião de fundação do clube, mas não assinou a ata de fundação, pois tivera que ausentar-se antes do término da reunião.
As primeiras partidas do Amapá ocorreram no campo da Praça da Matriz, atual espaço da Praça Veiga Cabral. Logo em seu primeiro ano de fundação, participou do Campeonato Amapaense. Porém, seria campeão somente no ano seguinte, sobre o Macapá.
Em 1959, disputou um torneio amistoso na cidade de Caiena, retornando à Macapá com o troféu da competição. Em três partidas realizadas na Guiana, o Amapá venceu duas e empatou uma.
Até 1991 o futebol no Amapá era amador. Nessa fase, o Amapá Clube e o E.C.Macapá dominaram o cenário futebolístico amapaense, conquistando a maioria dos títulos. Depois da chegada do profissionalismo o Ypiranga é o clube que tem mais títulos estaduais. Junto com o São José, ambos dividem a preferência da torcida amapaense e fazem o derby da capital Macapá.
Enquanto alguns clubes ainda nem conseguiram espaço para treinamento, o Amapá Clube pode perder seu espaço para coletivos e excercícios físicos no Km0 da rodovia Duca Serra. O anúncio foi feito nesta sexta-feira pelo ex-presidente do clube, empresário Gerson Fernandes. A informação é de que o local ainda não está totalmente liberado para a agremiação esportiva, e acordos feitos entre o atual gestor da zebra, Rodolfo dos Santos Juarez e o ex-vice presidente ainda estão pendentes, porém o que se comenta é que Gerson quer mesmo é acabar com os laços entre ele e o clube que atuou até ano passado quando se mudou para o Santana Esporte Clube.
Nos bastidores, informações dão conta de que o local deveria ser fruto da venda do espaço onde funcionava a maloca do Amapá Clube e que foi vendido para a igreja Assembléia de Deus, mas ainda não tivemos acesso a ata de confirmação da venda e do destino deste recurso.
A reportagem do Jornal do Dia esteve no local e verificou que o campo está abandonado.
Títulos
Campeonato Amapaense: 10 vezes (1945, 1950, 1951, 1953, 1973, 1975, 1979, 1987, 1988 e 1990).
Estádio
Milton Rodrigues (Zerão)
Capacidade: 5.000 torcedores
Mascote
Zebra