A primeira pessoa a ser presidente do Águia foi Athaíde Nogueira e o clube começou a chamar a atenção dos torcedores nos clássicos regionais contra o Ubiratan e o Operário-MS. Ainda como equipe amadora, a agremiação mandava suas partidas no estádio Ninho da Águia, que tem uma capacidade modesta de pouco menos que dez mil pessoas.
A profissionalização do time demorou a acontecer. Isso ocorreu 15 anos depois de sua fundação. A iniciativa foi do presidente na época, Joaldo Moreira Simões, que começou a juntar a documentação para o processo. No ano seguinte, o clube se tornaria profissional sob o comando de um novo mandatário: Oduvaldo M. Dalavia.
No gramado, o Águia Negra conquistou o primeiro título somente em 2002. O campeonato vencido foi o do Mato Grosso do Sul da segunda divisão. A decisão da competição foi contra o Coxin, na cidade de Sidrolândia.
Na temporada seguinte, a equipe se envolveu em uma confusão com a Federação de Futebol do Mato Grosso do Sul (FFMS). A agremiação dependeu de uma liminar do Tribunal de Justiça Desportiva (TJD) que garantiu sua participação no campeonato daquele ano. Os clubes União e Ladário também tiveram o mesmo problema.
O motivo que levou os times a dependerem de uma liminar foi que a FFMS excluiu as equipes da competição por eles não terem enviado todos os documentos necessários para a participação. Como argumento de defesa, o Águia Negra afirmou que a federação não havia comunicado sobre a reunião que definiria o regulamento do torneio.
A estréia na elite sul-matogrossense foi animadora para seus torcedores. O clube se classificou na primeira fase em primeiro do grupo D, com 15 pontos, e, na parte seguinte, como segundo com cinco pontos. Porém, nas quartas-de-final sucumbiu diante do Comercial após perder as duas partidas.
Em 2007, o Águia conseguiu a maior glória de sua caminhada no futebol. O time se tornou campeão do Campeonato do Mato Grosso do Sul. Uma campanha regular na primeira fase garantiu a equipe nas semifinais e dois empates com o Operário deram ao clube o direito de decidir o torneio contra o Cene.
Na final, os jogos foram equilibrados e o título veio após vencer o primeiro jogo por 3 a 1 e perder o segundo pelo mesmo resultado. A melhor campanha no início do campeonato garantiu a conquista.
Títulos
Campeonato Sul-Mato-Grossense: 2007Campeonato Sul-Mato-Grossense Série B: 2001.
Estádio
Estádio-Ninho da Águia
Capacidade para 8.000 pessoas
Mascote
Águia
site: http://www.aguianegra.net