O diferenciado nome do clube nada mais é do que uma homenagem ao bairro onde foi fundado. Este, por sua vez , recebeu o nome no início do século XIX. Naquela época, foram encontrados na Avenida Feliciano Coelho de Carvalho vestígios de alguns trilhos de trem, que possivelmente serviram como meio de transporte do material para a construção da cidade.
Com o profissionalismo, o Trem passou a enfrentar diversas dificuldades. Afastado do futebol profissional desde 1999, Trem Desportivo ensaiou a possibilidade do seu retorno ao futebol profissional em 2001, mas preferiu esperar um pouco mais e continuar trabalhando no seu projeto de restauração do clube. Dentro dessa proposta a locomotiva realizou neste domingo as novas eleições, escolhendo o advogado e professor universitário,Osmar Marinho Filho, para comandar o clube nos próximos três anos.
O Trem enfrentou grandes dificuldades financeiras nos últimos anos, em conseqüência de desastrosas administrações, mas pretende agora dar um mergulho por mares mais saudáveis e executar um projeto, visando resolver as pendências ainda existentes, com modificações e modernização do seu patrimônio.
O rubro-negro amapaense enfrentou nos últimos 10 anos mais de 400 processos judiciais em várias frentes (promotoria de defesa do consumidor, justiça comum, justiça do trabalho e juizado especial de pequenas causas), todos reclamando dívidas, os quais orçavam aproximadamente 450 mil reais, tendo pago mais da metade, e ainda com pendências em torno de 220 mil reais.
O novo projeto do Trem prevê uma parceria com empresas amapaenses, com a finalidade de construir no local onde está a atual sede social da Av. Feliciano Coelho, um edifício de 3 ou 4 pavimentos, dos quais um andar inteiro será do clube para funcionar os departamentos administrativos, o quadro social e movimentar o complexo esportivo, e a nova sede do clube. Desse negócio, espécie de venda com permuta, sobrará um saldo em dinheiro, que será destinado ao pagamento dos débitos remanescentes e o restante, aplicado na sede campestre (malocão da rodovia JK).
Em 2003, o time chegou a final da Taça da Integração, mas acabou perdendo para o CFA (RO) na decisão. No ano seguinte, conquistou a Seletiva do Amapá e garantiu vaga na Série C do Campeonato Brasileiro. Em 2007, veio a glória mais recente: o time conquistou, após 23 anos, seu terceiro título estadual.
Títulos
Campeão Amapaense 1952 , 1984 e 2007
Hino
Letra e música não disponíveis
Estádio
O Zerão, principal estádio do Amapá, tem este nome devido a sua localização. Ele está situado exatamente no mesmo local onde passa a linha imaginária do Equador, ou seja, o Marco Zero. Segundo alguns afirmam, metade do campo fica no hemisfério sul e a outra no hemisfério norte. O nome oficial do Estádio é Milton de Souza Corrêa e foi inaugurado em 17 de outubro de 1990.Mascote
A mascote do Trem é inspirada em uma locomotiva, que também dá o apelido pelo qual a torcida chama o time. Um torcedor do Rubro-Negro, em cima de uma locomotiva, forma a imagem da mascote do clube.
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