No ano de 2005-II conseguiu classificar pela terceira vez para as semi-finais da Primera A. Posteriormente, em 12 de novembro de 2006 no desenvolvimento de Finalización, caiu para a Primera B depois de perder por 1-0 para o Deportivo Cúcuta, concluindo a participação de15 anos consecutivos na primeira divisão.
Na Categoría Primera B, terminou em primeiro lugar no nonagonales e nos quadrangulares finais, jogando a final contra o FC Academy, em Bogotá. O primeiro jogo em Bogotá, bem como de volta em Envigado foi um empate 1:1, mas em decisão penal, Envigado FC ganhou 04:03, obteve o direito de jogar a fase final em dezembro.
No final da segunda parte do Torneio de 2007 da Primeira Categoria B, Envigado voltou a enfrentar Academia de Bogotá. Em ambos os jogos o vencedor foi o Envigado, ambos vencendo por 2-1 no Estadio Polideportivo Sur Envigado como Estadio Compensar de Bogotá. Ao vencer dois torneios em 2007, Envigado Futebol Clube ganhou o direito de ascender diretamente ao futebol profissional colombiano, enquanto Academia caiu de uma série de promoções , contra o Deportivo Pereira.
Em seu retorno a competição principal do futebol colombiano, a equipe se classificou para as semifinais no primeiro semestre do ano, lutando com a América, Santa Fe e La Equidad para a final. O segundo torneio do ano foi desastroso para a equipa "laranja", no entanto o clube evitou o rebaixamento geridos directamente, mas teve que jogar uma série de promoções para os corredores da Primera B-up, contra o Deportivo Rionegro, o Envigado venceu os dois jogos para que ele manteve a categoria.
No entanto, um fato extra-desportivos marcaram a história da temporada de 2008, as alegadas ameaças de morte pelos líderes do Envigado à dois jogadoresDeportes Tolima, segundo denúncia do presidente do clube tolimense Gabriel Camargo, e ratificado o técnico Hernan Torres. As ameaças foram negados pelo presidente do Envigado , que se recusou a instaurar processos contra Tolima, apesar do seu anúncio, devido ao pedido de desculpas pelo Tolima. Por seu turno, o colombiano de futebol mais importantes Divisão não trouxe sanções contra os clubes. No entanto, remeteu o processo à Procuradoria Geral da República é a condução do inquérito sempre que necessário.
Títulos
Categoría Primera B : 1991, 2007.
Estádio
O Estádio Polideportivo Sur foi inaugurado em 1991, com capacidade para 12 mil pessoas.Apelido Equipo Naranja
Site
http://www.envigadofutbolclub.net/