O Rio Negro, como é conhecido no jargão futebolístico, foi fundada por volta de 1957, talvez 1958, seu primeiro presidente foi Libardo Sanchez, vice-presidente, Jorge Tobon V, e seu primeiro treinador foi Alfonso "El Che" Piedrahita. Graças ao seu desempenho na temporada de 1961-1962 elevou à categoria A Divisão depois de derrotar o Colo Colo (2-1) e UPB (5-0). Sua estadia nesta classe durou até 1968 quando, após um fraco desempenho nesta temporada voltou a cair para a Divisão B.
Durante sua história desportiva “Los Leones del Oriente” têm vestido uniformes diferentes. No início dos anos 60 o uniforme vermelho e azul foi mudado para uma totalmente branca, que oficialmente durou até a temporada de 75 quando entrou para o vermelho, que é o uniforme atual Deportivo Rionegro. As mesmas cores da bandeira da cidade de Antioquia oriental.
Em 14 de julho de 1977 foi dado ao Rionegro a personalidade juridíca de "Club Deportivo Rionegro" pela Resolução n º 20.386. Em 1978, a equipe perdeu a oportunidade de continuar na categoria B Departamental Promoção e caiu para Ascenso Mayores. Desde os anos 80 as conquistas deste clube tornou-se mais abundantes até chegar ao Torneo de la Primera B Profesional, segunda categoria do futebol colombiano.
O caminho para a glória começou em 1979, quando Alfonso Restrepo e Oliverio Echeverri assumiram a equipe, e chegou ao campeonato do futebol amador Primera B, no departamento de Antioquia.
Em 1981, a direção técnica foi tirada por Marcos Gutiérrez e nesse mesmo ano ganhou Campeonato de la Copa Oriente, Riotex 10 Años, Categoría Mayores. Em 1982, a equipe de Ascenso Mayores conseguiu o título de campeão departamental , e retornou à sua casa no Torneio da Primeira B.
1991 foi um ano histórico para o Deportivo Rionegro, porque participou da Primeira B Professional Concasa Cup, patrocinador do torneio, no momento, o que significou o início da fase de equipamento profissional.
Em 1993, sob a direção do professor Carlos Augusto Navarrete, Rionegro foi protagonista com um honroso quinto lugar, que o distinguia de uma das melhores equipes nesta categoria. Los Leones del Oriente ficaram em quarto em 1994, 95, 96, 99, 2000 e 2002, mas seu melhor desempenho foi no campeonato de 2001, quando foi vice-campeão. Com todas essas vitórias e sua longa jornada é relevante para assegurar que o Deportivo Rionegro é uma das equipes mais renomadas do Torneo de Ascenso do futebol colombiano.
Títulos
Torneo Apertura de la Primera B 2008.
Estádio
Estadio Alberto Grisales
O estadio tem capacidade para 14.000 espectadores.
Apelido Los Leones del Oriente