A mudança para Fernandópolis Futebol Clube ocorreu em 1965, por decisão dos associados, que também optaram pelo azul e branco como as cores oficiais do clube, além da Águia como mascote. Com a antiga denominação, disputou o Campeonato Paulista da Terceira Divisão e, a partir do novo nome, esteve inscrito na Segunda Divisão, onde permaneceu até 1968.
Nas temporadas de 1969 e 1970, o clube solicitou à FPF seu afastamento, disputando apenas amistosos com o elenco profissional. Entretanto, voltou às competições em 1971 no Campeonato Paulista da Segunda Divisão.
O ano de 1979 foi de muitas alegrias para o clube, com a primeira conquista: Campeão Paulista da Segunda Divisão, vencendo o Jaboticabal. Com o título, o Fernandópolis teve o direito de participar da Divisão Intermediária Estadual no ano seguinte.
Em 1989, o clube esteve muito próximo de chegar à elite do Campeonato Paulista, passando à fase decisiva da Série Especial ao lado de Francana, Ponte Preta e Rio Branco. Entretanto, em um acidente na rodovia SP-320, o jogador Helênio, destaque da equipe, ficou praticamente sem enxergar, desfalcando o time, que não conseguiu o acesso.
Cinco anos depois, em 1994, foi mais uma vez campeão. Desta vez, do Paulista da Série B1A, vencendo o Capivariano e sendo beneficiado por resultados dos adversários. Com o título, o Fernandópolis pôde disputar, em 1995, a Série A3 do Estadual, onde permaneceu por apenas duas temporadas, sendo rebaixado em 1997.
A partir de 1998, voltou a disputar a Série B1A, posteriormente a Série B1 e em 2005, o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, onde permanece até hoje. Em 2007, o Fernandópolis foi eliminado na etapa inicial da competição, mas em 2008 e 2009 chegou à segunda fase.
Títulos
Campeonato Paulista - Série B: 2 vezes (1979 e 1994).
Estádio
Estádio Municipal Cláudio Rodante, mais conhecido por Ninho da Águia
Inaugurado em 25 de maio de 1953, com um amistoso entre as equipes do Fernandópolis Esporte Clube e Uchoa Futebol Clube. O Fernandópolis EC venceu por 3x2. Inicialmente o estádio se chamava "Amaral Furlan", nome este que permaneceu até 1963, quando o nome foi trocado para "John Fitzgerald Kennedy" homenageando-se assim o presidente dos Estados Unidos assassinado naquele ano. No começo, existia apenas um lance de arquibancadas, com capacidade para 4.000 pessoas. Do outro lado do campo, era comum as pessoas estacionarem caminhões e colocar cadeiras em cima das carrocerias para assistir os jogos.
Em 1978, houve a construção de mais um lance de arquibancadas, elevando a capacidade do estádio para 10.000 torcedores. Em 1981, houve a inauguração do sistema de iluminação artificial do estádio. Em 1987, acontece a mudança para o atual nome "Estádio Municipal Cláudio Rodante", homenageando o grande esportista fernandopolense, falecido naquele ano. Em 1995, houve mais uma ampliação do estádio para 14.560 lugares que hoje se tornaram 7.785 lugares pelas novas normas de demarcações.
Inauguração : 25/05/1953
Primeiro Jogo : Fernandópolis E.C. 3 X 2 Uchôa/SP.
Homenagem ao ex-dirigente e patrocinador do time nos anos 70/80, e ainda, grande colaborador da comunidade fernandopolense e região.
Hino
(Ludecir Aparecido Stefanin)
De ponta a ponta
De pé em pé
Vai nossa aguia com amor e fé
Tocando a bola com tal vigor
Trita a galera em alto clamor
E a gol que surge que faz vibrar
Iça a bandeira do seu altar
Vai fefecê... Vai fefecê.
Honra vitória por merecer...
Vai fefecê... Vai fefecê..
Honra vitória por merecer
Fefecê.....Águia querida. De antas glorias e tradições
Azul e branco são suas cores.....você
Está em nossos corações
Mascote
O time disputou a 4ª Divisão em 1963 e 1964 e, no ano seguinte, mudou seu nome para a denominação atual, mas manteve o escudo e a mascote, que representa força e liderança.