As duas equipes disputavam jogos acirrados até que em 1934, em um clássico entre as duas equipes, uma
confusão generalizada tomou conta do estádio. Como consequência da confusão, uma das arquibancadas de madeira ruiu, ferindo alguns espectadores. A partida foi cancelada, os clubes perderam popularidade e foram extintos.
Em 1944, a prefeitura de Fernandópolis convidou Penápolis para um amistoso. O convite foi aceito e a cidade montou uma “seleção” para enfrentar a cidade vizinha. Este acontecimento deu novo impulso ao futebol penapolense, levando Godofredo Viana, gerente do Banespa na cidade à época e grande figura da sociedade, a investir sua influência na fundação de um novo clube, que representasse Penápolis.
No dia 16 de novembro de 1944 nascia oficialmente o Clube Atlético Penapolense, com Godofredo Viana como seu primeiro presidente. As cores adotadas foram as da bandeira da cidade, já utilizadas pelo combinado que foi a Fernandópolis naquele ano.
Em seus primeiros anos, a Penapolense se dedicou apenas às competições amadoras. Em 1951, a equipe filiou-se à Federação Paulista de Futebol, participando pela primeira vez de um torneio profissional – a Segunda Divisão (atual Série A2). O clube jogou mais um ano o torneio, licenciando-se em 1953.
Em 1956, a equipe voltou, desta vez na Terceira Divisão (atual Série A3), campeonato que disputou até 1959, quando mais uma vez afastou-se do profissionalismo. A volta ocorreria em 1963, na Segunda Divisão, abaixo da Divisão Intermediária e da Divisão Especial. O clube disputou a competição em cinco temporadas nos seis anos seguintes – ficou de fora da edição 1967 –, para de novo licenciar-se em 1969.
Em 1973, o profissionalismo do clube foi reativado durante os 15 anos seguintes, um dos períodos mais regulares de sua história. A equipe permaneceu dois anos no terceiro nível (A3), sendo promovida em 1974. Em 1975 e 1976, o clube jogou a Segunda Divisão (A3), voltando para o terceiro nível em 1977. Voltou para a Segunda Divisão de 1982 a 1986.
Em 1987, por causa de problemas financeiros, a Penapolense não pôde participar da Segundona. Licenciada, a equipe voltou em 1988, na nova Segunda Divisão (A3). Os problemas continuaram. O clube ficou mais uma vez de fora, em 1989, e de novo em 1990.
Em 1991 a equipe disputou a Segunda Divisão (A3), onde permaneceu até 1994. Naquele ano, houve uma grande reestruturação no futebol paulista e a equipe acabou sendo “rebaixada” para a Série B2 (quinto nível, sem equivalência atual). O clube disputou a competição por três anos, mas novamente com problemas financeiros deixou o Paulista, ficando de fora pelo maior período de sua história: oito anos.
A volta ocorreu em 2005. Neste ano, as então Séries B1 e B2 foram unificadas e criou-se a atual Segunda Divisão. Aproveitando a oportunidade, a Penapolense retornou no quarto nível do futebol Paulista, onde ficou por três anos, conquistando o acesso para a Série A3 em 2007. Em 2009, na sua segunda participação no torneio, o clube de Penápolis classificou-se para o quadrangular final da competição, mas não conseguiu o acesso. Em 2010, repete a mesma história, não ficando entre os quatro que sobem.
Estádio
O Estádio Municipal Tenente Carriço, conhecido por Tenentão, é um estádio de futebol localizado na cidade de Penápolis, no estado de São Paulo, pertence ao Clube Atlético Penapolense e tem capacidade para 5.717 pessoas.
Hino
O nosso pantera Da noroeste...Tu és forte, tu és gigante Tens historia Que nos engrandece Sou capeano Sou tricolor Vermelho Branco E azul É a paixão do torcedor ô ô Sou capeano Sou tricolor Vermelho Branco E azul É a paixão do torcedor Tu tens grandeza És um feroz Traz alegria
Pra todos nós Tu tens grandeza És um feroz Traz alegria Pra todos nós
Mascote
Site
http://www.capenapolense.com.br/