Seu mais célebre uniforme, que inspirou o do São Paulo FC, tinha camisa branca com uma listra horizontal preta, calção e meias pretas. Também jogou com camisa preta,calção branco e maias pretas. Jogou ainda com uniforme diverso no título paulista de 1909: camisa com a metade esquerda preta e a metade direita branca, calção branco e meias pretas.Sua característica de time elitista pode ser comprovado pelo fato de que, até 1915, só doutorandos, engenheiros e bacharéis de Direito podiam jogar pelo time.
A Associação Atlética das Palmeiras foi fundada em 1902 e abrigava na sua constituição algumas das princiapais famílias da cidade. Seu campo ficava na Av. Angélica, onde na época havia apenas chácaras e terrenos vazios. Mas o time não era um time da várzea comum, jogava constantemente contra os segundos quadros das principais equipes da Liga e obtinha bons resultados.
Em 1904 a liga resolveu ampliar o número de clubes participantes e abriu uma nova vaga; todavia, além da Atlética das Palmeiras, o Internacional de Santos também estava interessado nela. Nesse ano, houve uma cisão no Paulistano e alguns de seus jogadores vieram reforçar o time. Foi disputado então um jogo que definiria o novo componente da liga, no qual a Atlética das Palmeiras venceu por 4x0 e passou a fazer parte da Primeira Divisão.
O clube foi se instalar na Chácara da Floresta, onde se localizava o extinto Clube de Regatas São Paulo, antecessor do atual Clube de Regatas Tietê. A equipe se firmou e venceu os campeonatos de 1909/10 e 1915, se transformando num dos grandes do início do século.
Em 1916 a Associação Atlética das Palmeiras ajudou o recém-fundado Palestra Italia a ganhar uma vaga para disputar o Campeonato Paulista pela primeira vez. Esse fato seria lembrado em 1942, quando o Palestra Italia optou por mudar de nome e passou a se chamar Sociedade Esportiva Palmeiras, em homenagem à A. A. das Palmeiras.
No metade da Década de 1920, a discussão em torno da profissionalização ou não do futebol paulista levou a um racha entre clubes pró-profissionalização liderados po Palestra itália e Corinthians continuam no campeonato da APEA em 1926, e clubes pró amadorismo e elitismo no esporte bretão liderados pelo Clube Atlético Paulistano, Sport Club Germânia e a Atlética.
Porém a profissionalização era irreversível, e após 4 temporadas, a Liga dos Amadores de Futebol é extinta, com seu líder, o Paulistano, fechando o departamento de futebol para a disputa do Paulistão. O das Palmeiras, após uma vexatória última colocação no Paulistão de 1928, e uma penúltima no Paulistão de 1929, ainda tentou se adaptar ao profissionalismo. Porém decadente, endividado e sem condições de disputar o Paulistão de 1930, acaba por ser extinto.
Alguns profissionais e diretores se juntam com outros do Paulistano e empregando o patrimônio do clube, que contava com o Estádio da Floresta, e a equipe do órfã do Paulistano, dão origem, em janeiro de 1930, ao São Paulo Futebol Clube.
Títulos
Campeã paulista por três vezes: em 1909, 1910 e 1915.