O Guarani de Palhoça foi fundado em 15 de fevereiro de 1928, sob o nome de Guarani Futebol Clube. A iniciativa partiu de sete jovens, que estavam reunidos no clube da cidade, o Clube 7 de Setembro. Os rapazes eram Augusto Haeming, Ivo Zacchi, João Otávio Pamplona, Jacob Santana Silveira, José Knabbem, Nilo Dias e Silvio Zacchi, todos moradores da cidade de Palhoça. O nome foi escolhido em homenagem aos índios que habitaram a região de Palhoça, que fica no litoral de Santa Catarina. Graças à localização da cidade, a mascote do time é conhecida como o Índio Litoral.
No começo, o clube mandava seus jogos em um terreno onde hoje funciona a escola básica Wenceslau Bueno. Foi assim até 1932, quando Juliano Lucchi doou um terreno no bairro do Patural, onde foi construído o primeiro estádio próprio do Guarani Futebol Clube. Nesse ano também foi organizada a primeira diretoria, que contou com Alécio Zacchi como presidente.
Quatro anos após a construção do estádio, em 1936, o Guarani não ia nada bem e foi obrigado a fechar as suas portas. Aproveitando-se do fim da agremiação, Candinho Carioca fundou o América Futebol Clube, que usou o estádio e a sede social do clube até 1939, quando voltou para o Rio de Janeiro. No ano seguinte, em 1940, o Guarani retomou às atividades.
Mas foi por pouco tempo. Em 1942, o time voltou a fechar as suas portas. E permaneceu assim por dois anos, quando voltou às atividades em 1944, sob a presidência de João Alves Pamplona. Depois disso, o Guarani nunca mais foi obrigado a fechar.
Em 1966, o estádio foi rebatizado e passou a se chamar João Otávio Pamplona, nome do presidente que mais vezes exerceu o cargo no time de Palhoça. Mas foi por pouco tempo. Depois de cinco anos de expectativa, entre 1967 e 1972, o novo campo - estádio Renato Silveira - foi inaugurado em uma partida entre os donos da casa e o Saldanha da Gama.
Seis anos depois, em 1978, o Guarani disputou seu primeiro torneio municipal de Palhoça, e já se sagrou campeão, assim como nos anos de 1985, 1986, 1994, 1995, 1998 e 1999, tornando-se o 
maior campeão do campeonato.
Ainda no amadorismo, em 1996, a sonhada iluminação do estádio Renato Silveira foi inaugurada. A primeira partida noturna do estádio foi entre o Guarani e o Atlântico da Barra do Arirú.
Quatro anos depois, o clube finalmente se profissionalizou e disputou sua primeira competição oficial, a segunda divisão do Campeonato Catarinense, conquistando a terceira colocação.
Dois anos depois, a equipe mudou seu nome e sua orientação. O clube passou a se chamar Sociedade Esportiva Recreativa e Cultural Guarani, que passou a ter o objetivos filantrópicos, beneficentes, educativos, culturais, artísticos e a prática desportiva e recreativa.
Em 2003, o maior momento da história da agremiação. O time bateu o Timbó na decisão da segunda divisão estadual e se classificou para a elite de Santa Catarina, seu maior feito até agora.
O time, porém, não foi bem no Campeonato Catarinense de 2008 e foi rebaixado, ao lado do Juventus e Brusque, e disputará a segunda divisão do Catarinense em 2009.
Títulos
Campeonato Catarinense - Divisão de Acesso 2003
Estádio
Renato Silveira
Capacidade: 8.000
Inauguração: 1972
Primeiro Jogo: Guarani 0 x 4 Saldanha da Gama
Mascote
A mascote do Guarani de Palhoça é o índio Litoral. O índio foi escolhido como um dos símbolos do clube pelo mesmo motivo que o nome do clube é Guarani: para homenagear os índios que viveram na região.
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