O São Cristóvão foi fundado no bairro de São Cristóvão, inicialmente apenas como clube de regatas, com o nome de Club de Regatas São Christóvão. Fundiu-se ao São Christóvão Athletic Club, que era apenas de clube de futebol e disputava o campeonato metropolitano, para criar o atual São Cristóvão de Futebol e Regatas.Além deter sido campeão do Torneio Início do Rio de Janeiro em 1918, 1928, 1933 e 1937, o São Cristóvão foi ainda vice-campeão em outras seis ocasiões (1920, 1925, 1927, 1938, 1940 e 1964), num total de dez decisões disputadas neste tradicional torneio.
O clube teve o seu maior momento, quando conquistou o Campeonato Carioca da Primeira Divisão em 1926. Com uma campanha irretocável, conseguiu catorze vitórias, dois empates e apenas duas derrotas em dezoito jogos, goleando adversários expressivos, como Flamengo (5 a 0 e 5 a 1), Fluminense (4 a 2) e Botafogo (6 a 3).
Outro grande momento do São Cristóvão foi o vice-campeonato carioca de 1934, que mostra a força do clube, no início do século XX, suplantando grandes clubes do futebol carioca.
Em 1937, quando disputava o Campeonato Carioca pela FMD, ao lado de Vasco, Botafogo e Bangu, entre outros, houve a pacificação do futebol carioca e os clubes da FMD se juntaram aos outros clubes para a disputa do Campeonato Carioca pacificado. O São Cristóvão liderava disparado o campeonato da FMD, sem poder ser alcançado por nenhum outro clube, mas esta liga foi dissolvida sem declarar o São Cristóvão campeão, o que foi uma grande injustiça, por não ter refletido oficialmente a superioridade do time do São Cristóvão sobre os outros concorrentes.
Comprovando que era de fato um grande time, ainda chegou ao vice-campeonato do Torneio Municipal de 1938, perdendo o título para o Fluminense, mas tendo nove vitórias, dois empates e cinco derrotas, trinta e seis gols pró e trinta contra.
Já na segunda edição do Torneio Municipal, em 1943, o São Cristóvão sagrou-se campeão, com nove vitórias, sete empates e apenas uma derrota, com 29 gols a favor e dezessete contra, desta vez, tendo o Fluminense como vice. Em 1951 seria o terceiro colocado.
Em pesquisa de torcidas realizada pelo Ibope e divulgada pelo Jornal dos Sports em 31 de dezembro de 1954, em sua página 5, o São Cristóvão aprecia como a sétima maior torcida do Rio de Janeiro com 1% da preferência, ou 2% se considerarmos apenas os torcedores do sexo masculino .
A maior atuação do São Cristóvão no Maracanã foi em 29 de março de 1975, quando enfrentando o Flamengo de Zico, começou perdendo por 2 a 0 e numa reação sensacional venceu o partida por 3 a 2.
Talvez o último grande momento do clube cadete no futebol, tenha sido o vice-campeonato da Copa Rio em 1998, quando perdeu a decisão para o Fluminense.
Sem dúvida, a maior revelação do São Cristóvão foi o centroavante Ronaldo (que fez 44 gols em 73 jogos pelo clube cadete), o Fênomeno.
O São Cristóvão teve ainda os artilheiros dos campeonatos cariocas de 1919 (Braz de Oliveira, 24 gols), de 1926 (Vicente, 26 gols), de 1928 (Vicente, 20 gols) e de 1943 (João Pinto, 26 gols).
Sua torcida é conhecida como "torcida cadete", pela proximidade do clube com instalações do Exército brasileiro.
Único time do mundo a possuir um único uniforme oficial
O time de futebol possui apenas o uniforme todo branco, não tendo, portanto, o fardamento número dois. A FIFA reconhece o São Cristóvão como o único clube a ter apenas um uniforme oficial. Porém, na falta da camisa brasnca, o clube deve atuar com camisas cor-de-rosa.
A inspiração para o uniforme do Santos
A primeira vez que o Santos usou a sua camisa atual (neste dia usou shorts pretos e como o campo estave elameado, trocou de camisa no decorrer do jogo) foi no amistoso de inauguração do Estádio Figueira de Melo, contra o São Cristóvão, em 1916, e inspirado neste clube, que já usava o branco. Durante muito tempo, a partir desta data, o Santos pintou o escudo do São Cristóvão nos muros da Vila Belmiro e associados destes dois clubes podiam usufruir das respectivas sedes, mutuamente.
Títulos
Campeonato Carioca: 1926
Campeonato Carioca da Segunda Divisão: 1965
Estádio
Manda jogos no Estádio Figueira de Melo (conhecido como "Figueirinha"), com capacidade para 8 mil espectadores.
Alcunhas: Cadete, São Cri-Cri
Mascote
Carneiro
O São Cristóvão Futebol e Regatas, manteve por muitos anos a tradição de deixar que carneiros e ovelhas pastassem no campo para que a grama ficasse sempre aparada.