Fundado em 26 de abril de 1926 por militares que serviam no 9º Regimento de Infantaria do Exército Brasileiro, o Grêmio Atlético Farroupilha começou sua trajetória com o nome de Grêmio Atlético do 9º Regimento. O nome permaneceu até 1941, quando o então presidente Getúlio Vargas proibiu por decreto que as unidades militares emprestassem seus nomes à agremiações civis. Sendo assim, os dirigentes da época optaram por adotar o nome de "Farroupilha", em alusão ao maior título obtido pelo clube: o Campeonato Estadual de 1935. O Farroupilha tem grande bagagem esportiva. Desde sua fundação, vem disputando o campeonato estadual e também campeonatos da Liga de Futebol local, inclusive sendo tri-campeão invicto dos torneios da então Liga Pelotense de Desportos - em 1934, 1935 e 1936 - vencendo os co-irmãos Esporte Clube Pelotas e Grêmio Esportivo Brasil, além dos demais clubes que disputavam a competição na época. Ainda na mesma época, o Grêmio Atlético Farroupilha era destaque também em outros esportes, como o basquete (campeão citadino de 1936) e a esgrima (campeão estadual de 1935).
No ano de 1935, depois de vencer todos os adversários que o confrontaram, o Farroupilha foi à capital do Estado para disputar o Campeonato Estadual. Neste ano, a competição tinha acrescida a sua importância o título de "Campeão Farroupilha", em comemoração ao centenário da Revolução Farroupilha, momento mais importante da história do Rio Grande do Sul. Nas finais, o Grêmio Atlético Farroupilha tinha pela frente o Grêmio Foot-Ball Porto Alegrense, em uma série de "melhor de três". Na primeira partida, 3 a 1 para o Grêmio. Sem se deixar abater, o Farroupilha fez um expressivo 3 a 0 no segundo confronto. Na partida final, o Farroupilha aplicou 2 a 1 na equipe da Capital, consagrando-se Campeão Estadual e trazendo para a cidade o título de "Campeão Farroupilha", que mais tarde originaria o seu nome. O título recebido é moralmente valorizado por um século. Sendo assim, o Grêmio Atlético Farroupilha ficou reconhecido como o Campeão de 35, Campeão Farroupilha e Campeão por 100 anos!
Em 2004, após 24 anos, retornou à divisão principal, mas acabou sendo rebaixado em 2006.
MASCOTE: Fantasminha
O Fantasminha virou mascote porque o Bairro do Fragata tem o cemitério São Francisco de Paula e o Farroupilha costumava dar bons sustos na dupla Gre-Nal.
ESTÁDIO: General Nicolau Fico
CAPACIDADE: 10.000 pessoas
Hino
Grêmio Atlético Farroupilha,
Teu passado glorioso,
Se assemelha à maravilha
Desse Estado portentoso,
Tua história que é tão bela,
Campeão de 35
Na senda dos esportes.
Esboça teu perfil,
Com um traço varonil.
Vamos lutar com ardor!
Teu futuro é promissor!
Farroupilha é no esporte
O mais bravo, o mais forte!