Após o retorno às suas atividades, o clube disputou a divisão de acesso para a elite do futebol paranaense. Em 1998, no seu segundo ano depois da reestruturação, chegou em terceiro lugar da Série A-II, a segunda divisão do Campeonato Paranaense. Já no ano seguinte, a Lusinha, como também é conhecida, obteve a sua vaga para a série A-I, a primeira divisão, quando alcançou o vice-campeonato.
Em 2001, o Campeonato Estadual Paranaense passou por uma reestruturação e dividiu suas divisões em A-II, AI e Série Ouro, que seriam respectivamente a terceira, a segunda e a primeira divisão. A participação das equipes em cada série seria decidida de acordo com o desempenho dos clubes em 2000.
A Lusinha disputou em 2001 a série A-I e sagrou-se vice-campeã. Em 2002 e 2003, participou da elite do futebol do Estado do Paraná. Em 2004, o clube disputou a Série A-I, pois havia sido rebaixado ano anterior. Somente em 2006 a Portuguesa obteve o título da Série A-I e retornou a Série Ouro.
Em 2007, a Associação Portuguesa Londrinense se fundiu com o Clube Atlético Cambé. Segundo o presidente, a fusão teria como propósito atrair torcedores de Carimbe, região metropolitana de Londrina.
Infelizmente o clube não foi bem no Campeonato Paranaense de 2008 e acabou sendo rebaixado. Em 2009, a Portuguesa disputará a segunda divisão do estadual, de volta à Londrina.
Estádio
Apesar de não ser um time com muita tradição e títulos, o clube conta com uma boa estrutura. Possui o estádio Vila Santa Terezinha, com capacidade para três mil pessoas, e um Centro de Treinamento com 33 mil m2, com três campos e um alojamento para 50 atletas. Suas partidas são jogadas no Vitorino Gonçalves Dias, com capacidade para 10 mil pessoas, ou no estádio do Café, para 45 mil pessoas.
Títulos
Campeonato Paranaense - Série Prata: 2006.
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