Seis anos depois de ter encerrado suas atividades, em 1979, uma turma de adeptos do esporte, resolveu reativar o Flamengo de Varginha. O presidente Geraldo de Paula Filho (Ladinho) decidiu extinguir oFlamengo Futebol Clube e criar o Flamengo Esporte Clube.
Uma autorização foi conseguida com diretor de patrimônio do extinto Flamengo F.C., para que fossem usadas as dependências do clube e em troca, seriam feitas reformas no Estádio Rubro-Negro.
O técnico do time era Zezé e o plantel contratado em março de 1979 era: Arnaldo; Vandir, Tadeu, Mário Alberto e Walmir, Álvaro, Celso e Reis, Julinho, Armando e Eli.
No primeiro jogo desta equipe contra o Tupi de Juiz de Fora, o Flamengo empatou em 1 a 1 em Varginha. Participou do Campeonato Mineiro da 1ª Divisão em 1980, 1989, 1990, 1991, 1992 e 1993.
Depois de buscar uma vaga para subir para a 1º Divisão durante oito anos, o Flamengo, finalmente conseguiu ser campeão em 1988, sob a presidência de Edilberto Carvalho (Coruja). Passou pela primeira fase contra Atlético (TC), Comercial de Campo Belo, Yuracan de Itajubá, Olímpica de Lavras, Pouso Alegre, Sparta de Campo Belo e Trespontano.
Na segunda fase, o Flamengo enfrentou o Aymorés de Ubá, Ituiutabana, Paraisense, Guarani de Divinópolis e Sparta de Campo Belo. Conseguiu a 1ª colocação e classificou-se para a Fase Final.
Seis clubes disputariam quem ficaria com o título e o vice-campeonato, colocação que os habilitava para o ingresso ao Campeonato Mineiro da 1ª Divisão em 1989. O Flamengo ficou em primeiro lugar, depois de enfrentar Pouso Alegre, Araxá, Atlético(TC), Democrata(GV) e Sparta de Campo Belo.