O Clube foi fundado em janeiro de 1970 como um clube amador da capital goiana, assim conquistando diversos títulos amadores nos anos 70, até que se profissionalizou em 1980 e disputando a Segunda Divisão de Goiás.
Em 1980, o Monte Cristo sagrou-se campeão invicto da segunda divisão do Campeonato Goiano, conquistando o acesso à série principal do torneio.
Em sua primeira participação na primeira divisão, em 1981 o time foi o último colocado, somando apenas 5 vitórias em 40 jogos disputados. Como não houve rebaixamento naquela temporada, o clube disputou o certame de 1982 e novamente foi o último colocado, com apenas 3 vitórias em 22 jogos. Desta vez, porém, o time não escapou do descenso.
Em 1983, de volta à segunda divisão, o Monte Cristo foi o 6° colocado dentre 10 participantes.
Em 1984 a equipe conquistou o acesso, após o vice-campeonato da segunda divisão (o Goiatuba foi o campeão daquele ano). No jogo que garantiu o ascenso, em 25/11/1984, a equipe só precisava empatar, mas fez 3 a 1 no Santa Helena.
Em sua terceira presença na primeira divisão goiana, em 1985, o time foi o 10° colocado na fase de classificação (dentre 12 participantes) e teve que disputar o "torneio da morte". Somando os pontos da fase de classificação e os do "torneio da morte", o Monte Cristo acabou na 11° e penúltima colocação do campeonato, amargando um novo rebaixamento, com modestas 7 vitórias em 30 jogos disputados.
A partir de 1986, a "Águia" tornou-se assídua participante da segunda divisão goiana. Entre 1986 e 1996, a equipe goianiense só ficou de fora dos certames de 1988 e 1993. Entretanto, o time fez a pior campanha em todos os 9 campeonatos que disputou, um verdadeiro recorde negativo. Para piorar a marca, nos anos de 1989, 1995 e 1996, o Monte Cristo perdeu todos as partidas.
Depois desta péssima fase de sua história, o time se licenciou das competições profissionais.
Em 2000, o Monte Cristo voltou aos gramados goianos, para disputar mais um Campeonato Goiano da segunda divisão. Mas desta vez, o time fez uma razoável campanha. Conseguiu chegar ao octogonal final e acabou obtendo a 7° colocação final no campeonato, dentre 12 participantes.
Em 2001, o time chegou a disputar 5 partidas da segunda divisão, mas foi eliminado precocemente do campeonato por problemas financeiros com a Federação Goiana.
Depois disso, a "Águia" viveu mais um período de afastamento do futebol profissional.
O clube voltou às atividades em 2004, desta vez na terceira divisão estadual. Disputou ainda os certames de 2005 e 2006, consignando mais um recorde negativo em sua história: em 14 partidas, somou 13 derrotas e 1 empate.
Em 2007, o time licenciou-se novamente.
Em 2008, o Monte Cristo retorna à disputa da terceira divisão, mas faz outra péssima campanha, perdendo todos os seus 6 jogos. Neste certame, aliás, a equipe goianiense acabou levando uma histórica goleada do Inhumas: 12 a 1, em Inhumas, no dia 9 de novembro daquele ano.
Em 2009, depois de passar por uma reestruturação, o Monte Cristo conseguiu um feito: finalmente venceu a primeira partida na terceira divisão do Campeonato Goiano. A vítima foi o Mutunópolis, derrotado em casa pelo placar de 3 a 2, em 21 de outubro daquele ano. A "Águia" não vencia uma partida oficial desde 26 de abril de 2001.
Apesar de quebrar o jejum de vitórias, o triunfo foi o único do clube em todo o campeonato. A equipe acabou de novo na última colocação do certame: 7° lugar dentre os 7 participantes, com 1 vitória, 1 empate e 10 derrotas; 12 gols marcados e 41 sofridos. Em seu penúltimo jogo, aliás, o Monte Cristo foi goleado em casa pelo Rio Verde por 8 a 0.
Em 2010 o Monte Cristo conseguiu seu melhor desempenho em Campeonatos Goianos da 3ª Divisão, pela primeira vez o clube não termina o certame na lanterna, porém a campanha foi pífia. Com duas vitórias e um empate, a Águia sagrou-se vice-lanterna na competição que possuia 6 equipes.
Em 2011, em mais uma participação na 3° Divisão do Campeonato Goiano, o Monte Cristo foi o último colocado do torneio, com mais uma campanha de derrota em todos os jogos. Foram 10 derrotas em 10 partidas.