Estréia no profissionalismo em 1988 na Terceira Divisão de Profissionais. Fica na primeira fase em quarto lugar no seu grupo e é eliminado da fase final. Em 1989, se classifica em segundo na primeira fase e quase chega à final do campeonato, quando fica em segundo na sua chave.
A glória advém em 1990, quando se sagra campeão da Terceira Divisão, o título mais representativo da sua história. Contudo, em 1991, o Céres, que deveria ser promovido à antiga Segunda Divisão, que viraria nesse ano Módulo "B" da Primeira, é simplesmente remanejado juntamente com os outros times de seu módulo para uma Segunda Divisão com cara de Terceira. Fica em quinto lugar na classificação geral.
Em 1992, no mesmo módulo, fica em quinto lugar na fase inicial, não alcançando a seguinte. Em 1993, é apenas o oitavo em sua chave, repetindo uma campanha ruim. Em 1994, apenas o sétimo na fase inicial em seu grupo. No ano seguinte, é o segundo colocado em sua chave na primeira fase, terminando o campeonato em quarto no hexagonal final.
Em 1996, participa da Divisão Intermediária, que continua sendo na prática uma Terceira Divisão. Perde a final do primeiro turno para o Real Esporte Clube, de Angra dos Reis. No segundo turno, fica apenas com a terceira colocação, sendo eliminado da final.
Em 1997, é convidado a integrar a verdadeira Segunda Divisão de Profissionais, a que daria acesso à Primeira, composta pelos clubes da elite. Após ser campeão do primeiro turno da segunda fase, classifica-se para a final da competição, perdendo o título para o Friburguense, obtendo então seu melhor resultado na 2ª Divisão de Profissonais, o vice-campeonato. Em 1998, é eliminado na primeira fase, ficando em quarto na sua chave. No ano seguinte, a campanha é muito semelhante. A agremiação fica em terceiro, não prosseguindo na competição.
Em 2000, fica em segundo em sua chave na primeira fase, se classificando. Na fase seguinte, termina em sétimo na sua chave e sai da disputa final. Em 2001, é o segundo colocado no seu grupo na fase inicial. Na fase posterior, acaba em quinto lugar e é eliminado novamente.
Em 2002, o azul-celeste da Zona Oeste termina como líder em seu grupo na fase inicial, se classificando. Na seguinte, fica em terceiro e acaba eliminado, visto que apenas os dois primeiros lograram classificação.
Em 2003, acaba em terceiro na sua chave e é eliminado logo na primeira fase da competição. Em 2004, é sétimo apenas. No ano posterior é sexto. Em 2006, termina a primeira fase em quarto e também acaba eliminado. Em 2007, o clube licenciou-se e não disputou o Campeonato Carioca da Segunda Divisão, retornando à disputa no ano de 2008.
Em 2008, é quase rebaixado para a Terceira Divisão. Acaba em último lugar na sua chave na primeira fase e é obrigado a disputar uma espécie de torneio da morte ou de descenso com mais três equipes, no qual duas se salvariam e duas caíriam. O Céres termina em primeiro e se livra do rebaixamento.
Em 2009, não disputou a Segunda Divisão de Juniores, sendo eliminado da disputa Profissional. O clube alega que teria pedido licença à FFERJ, podendo retornar à mesma divisão em 2010.
Em 2011 classifica-se como líder do seu grupo na Primeira Fase da Série B, mas faz uma campanha abaixo do esperado na Segunda Fase e termina na 8ª posição.
O Ceres revelou grandes jogadores nacionais. Em Destaque , tem o Atacante Eduardo da Silva que começou no Ceres, se naturalizou Croata e hoje joga no Flamengo.
Estádio João Francisco dos Santos, capacidade para 5000 pessoas
Mascote Macaca Chita