Fundado em 14 de abril de 2008, por Márcio José da Silva, o clube nasceu com a intenção de representar a cidade de São José dos Pinhais, e o compromisso com a formação de jovens atletas. Desde 2012, é regido pelos empresários, João Otávio Simões Neto e Claudio Roberto Sgarbi, por meio das empresas esportivas ATF Sports e CIFA. Mantém parceria, com a agremiação polonesa Klub Sportowy Piotrcovia, e com o centro de treinamento Centrun Pitkarskie Ptak, do mesmo país. Tais compromissos visam o intercâmbio de jogadores, tanto para o Brasil, quanto para a Polônia, e usufruir da estrutura de ambas instituições em excursões e torneios internacionais. . Também possui aparceiramento com o Guarani de Pouso Alegre, com intuito parecido.
Já em seu primeiro ano de vida, disputou a Terceira Divisão Paranaense, tendo como resultado o vice-campeonato, e a promoção para a Divisão de Acesso de 2010. Nesta, terminou na 6ª posição, posteriormente em 2011, na mesma competição, faz investimentos consideráveis, porém com resultados insatisfatórios, desiste do torneio, sendo rebaixado. O fato frustrou pelo segunda temporada consecutiva, o sonho de adentrar na elite do futebol paranaense. Dando seguimento, em 2012, disputa a Terceira Divisão, ficando na 4ª colocação, não conseguindo acesso, apenas pelo saldo gols já que empatou em pontos como o PSTC, que ficou com a última vaga. Em 2013, torna a disputar o campeonato apostando em suas categorias de base para triunfar. Chegou a final e conquistou o acesso, porém...
O São José não compareceu para disputar o segundo jogo das finais do Campeonato Paranaense da Terceira Divisão de 2013 na noite desta quinta-feira no Estádio Olímpico Regional em Cascavel. Com isso, o FC Cascavel sagrou-se o campeão do estado.Na decisão do ano passado, ocorreu apenas o jogo de ida, quando o FCC venceu o São José, em Irati, por 2 a 1. Porém, a segunda partida foi cancelada devido ao ato de suspensão emitido pela FPF (Federação Paranaense de Futebol), após a equipe de São José ter sido punida por suposta utilização de jogador com documentação irregular. Porém, em julgamento ocorrido em fevereiro deste ano em instância superior, o STJD (Supremo Tribunal de Justiça Desportiva) absolveu a equipe da região metropolitana de Curitiba.
O São José oficializou a desistência da disputa da Segunda Divisão do Campeonato Paranaense que terá início no próximo domingo.
A diretoria do clube da região metropolitano encaminhou nesta quinta-feira um ofício à FPF oficializando pedido de desistência da competição. Com isso, o clube esta automaticamente rebaixado a terceira divisão em 2015. Assim como o Colorado que já havia desistido de disputar a competição na última terça.
Estádio
Estádio Municipal Doutor Tancredo Neves, é mais conhecido como Estádio do Pinhão ou Xingu, fica localizado na Região Metropolitana de Curitiba, na cidade de São José dos Pinhais, é a casa do Sport Clube São José, e também foi a casa do Sport Club Corinthians Paranaense então Malutrom, antes de construir o Eco-Estádio. Capacidade para 5.200 pessoas.