Fundado em 2004, o clube é o resultado de uma parceria entre empresários e professores da Universidade de San Martín. É também o primeiro clube peruano a se tornar uma empresa de capital aberto.
Para estrear no Campeonato Peruano da primeira divisão em 2004 sem disputar as divisões de acesso, o clube comprou o acesso do Club Sport Coopsol, que havia sido campeão da segunda divisão peruana em 2003.
Teve como experiência em competição continental, a participação na Copa Sul Americana de 2006, quando foi eliminado por outra equipe peruana, o Coronel Bolognesi, ainda na Primeira Fase. A equipe peruana possui uma modesta história em Taça Libertadores, com apenas duas participações em 2008 e 2009. Em sua primeira participação em 2008 sequer passou da Primeira Fase, ficando em último no seu grupo atrás de River Plate, América do México e Universidad Católica. Já em 2009, passou da Primeira Fase, em segundo lugar, atrás do Nacional de Montevidéu e a frente de River Plate e Nacional do Paraguai. Caiu nas Oitavas de Finais após duas derrotas frente o Grêmio, por 3 a 1 e 2 a 0.
Títulos
Campeonato Peruano 2007, 2008 e 2010
Estádio
O Estádio Nacional do Peru (também conhecido como Estádio Nacional José Diaz) é um estádio multi-uso localizado em Lima, no Peru. Atualmente, tem capacidade para aproximadamente 60.000 pessoas.
Alcunhas Los Albos, Los Santos
Mascote
A mascote do San Martín é uma coruja, que usando um capelo faz referência à Universidad San Martín de Porres, entidade que deu origem ao clube de futebol. Site
http://www.clubdeportivo.usmp.edu.pe/